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【Cell Metabolism同款】在线绘制摩天轮图展示不同通路中上下调基因个数

已有 432 次阅读 2026-6-4 14:38 |系统分类:科研笔记

导读:使用摩天轮图展示差异基因个数,内部的大圈代表差异基因总数,外周的小圈代表不同通路中所包含的差异基因数量。圈的大小与基因数目成正比。形象且直观。fig1.png

图1.文章例图

Cell Metabolism》文章Metabolic adaptation supports enhanced macrophage efferocytosis in limited-oxygen environments. Fig 2B 以“摩天轮图”直观呈现了 Chronic vs Standard O 条件下的差异基因数量:内圈代表差异基因总数,外圈则按通路分别展示差异基因数目。其中,红色表示上调基因,蓝色表示下调基因,圆的大小与基因数成正比。由于部分基因可同时参与多条通路,且作图时可能未纳入全部通路,因此外圈基因数之和不大于内圈基因数。该图本质上是一个极坐标堆叠柱状图的变体。形式新颖,形象生动,令人耳目一新。

1,打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/basic_ferris_wheel_gene_up_down_circle_donut_chart

fig2.png

图2.绘图页面

2,示例数据

点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。

fig3.png

图3. 示例数据

示例数据包括3列:

第1列:通路名。例如GO,Pathway。或者其他能够分类的名字,例如chromsome

第2列:上调基因数。或者其他个数,例如peak数

第3列:下调基因数。或者其他个数,例如peak数 

3,输入检查

示例数据:点击输入框下面的“示例”按钮,将载入示例数据。

真实数据:数据放在excel中,调整好后,Ctrl+A选中数据,Ctrl+C拷贝,Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。

fig4.png

图4. 载入数据,输入检查

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过,请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤,直到检查通过(如下图所示),然后可以继续选择其他参数。

fig5.png

图5.输入检查结果

注:输入检查是新添加的功能它会根据不同模块的输入要求,逐行逐列检查输入数据,并给出提示,以确保数据符合模块输入要求。建议每次提交前先进行输入检查

4,选择参数

fig6.png

图6.绘图参数

图片大小:设置了图片高度和宽度 

颜色

设置了2种颜色:上调颜色(对应第2列),下调颜色(对应第3列)

新加功能:解决配色难题

1,颜色集:提供了7种常见期刊的颜色集,点击后,在该论文的颜色集中随机挑选

2,随机颜色:点击“随机”按钮后,会随机推荐2种颜色,点击一次,随机一次

3,自定义:可以粘贴空格分隔的16进制颜色编号,例如 #E64B35 #4DBBD5 

内圈donut相关:

上调个数:上调基因总数,或者是其他数值,例如peak数

下调个数:下调基因总数,或者是其他数值,例如peak数

半径:内圈donut的半径,值越大,圈越大

Donut带宽度:控制donut的带宽,值越大,带越宽

内部文字字体大小:控制内圈donut内部的文字的字体大小,文字说明来自输入数据的第一行

外圈donut相关:

圈内数字字体大小:控制外圈donut内部的数字文字大小。默认先自动调整。

Donut带宽度:控制外圈donut的带宽,值越大,带越宽。比内圈的细点更好看

图例相关:

上调和下调分别代表的类型说明,也就是红色弧线和蓝色弧线的说明

图例文字字体大小:控制图例的文字大小

其他

通路名字体大小:外侧每个小圈代表的通路或者其他有意义的名字

内圈和外圈间距:值越大,间距越大,图越松散

绘图顺序:顺时针或者逆时针绘图

5,提交出图

检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约1s后,会在页面上显示摩天轮图。我们提供了pdf、svg两种矢量图,png、tiff两种标量图供大家下载使用。

fig7.png

图7.预览图

请使用Acrobat Illustrator,inkscape等软件编辑矢量图(pdf或svg),进行组图,调整文字、图像元素位置,字体,添加说明等操作,以满足个性化需求。

除了展示转录组的差异基因个数外,还适用于代谢组的差异代谢物,蛋白组的差异蛋白,表观组的差异区个数等等。

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