一旦实验动物自身携带了一些病毒、细菌、真菌和寄生虫，不仅可能导致实验失败以及实验数据失真，还可能造成大量科研资源的浪费，延长了实验周期，实验动物质量影响着实验的结果和数据的可信程度。因此，动物房需要定期对实验动物进行病原微生物的检测。

荧光定量PCR成为用于检测病毒感染的常用的方法。荧光定量PCR检测具有高灵敏度、高特异性、操作方便等特点。分子核酸检测可以在疾病早期检测到病毒感染，特异性高，也得到了广泛的应用和重视。

不同的病原微生物在体内主要定植的部位不同，多种样本类型都可以进行同种病原微生物的检测。对于大多数病原微生物的检测来说，粪便\盲肠内容物 和 气管\口咽拭子是一个比较好的选择，一是取样方便，二是可以检查多种病原微生物。

检测项目 检测样本类型

沙门菌  回盲肠内容物、粪便、肛拭子

支原体  气管、肺、鼻咽拭子

鼠棒状杆菌  鼻咽/口咽拭子、病灶分泌物、脓汁

泰泽病原体  粪便、肝

嗜肺巴斯德杆菌  气管、鼻咽/口咽拭子、病灶组织、脓汁、粪便

肺炎克雷伯杆菌  回盲肠内容物、病灶组织

绿脓杆菌  回盲肠内容物、粪便、病灶组织

念珠状链杆菌  鼻咽/口咽拭子、病灶分泌物、脓汁

金黄色葡萄球菌  回盲肠内容物、病灶组织/分泌物

肺炎链球菌  鼻咽/口咽拭子、病灶组织/分泌物

乙型溶血性链球菌  呼吸道/病灶分泌物、脓汁

啮齿柠檬酸杆菌  回盲肠内容物

肺孢子菌属  气管、肺、口咽拭子

牛棒状杆菌  皮肤拭子、皮屑/痂皮、皮肤、粪便

小鼠肝炎病毒  盲肠内容物、粪便、肝

仙台病毒  口咽拭子、鼻拭子、肺、气管

小鼠肺炎病毒  口腔拭子、气管、肺

呼肠孤病毒Ⅲ型  盲肠内容物、粪便、肝

小鼠细小病毒MVM株  盲肠内容物、粪便、肾、脾、肝

汉坦病毒  粪便、肺、肾、脾

鼠痘病毒  盲肠内容物、粪便、肝、脾

淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒  粪便、脑

小鼠脑脊髓炎病毒  盲肠内容物、粪便、肝、脾

多瘤病毒  盲肠内容物、粪便、肾、脾

小鼠诺如病毒  盲肠内容物、粪便

支气管鲍特杆菌（败血症波氏杆菌）  鼻咽/口咽拭子、肺

大鼠细小病毒(KRV和H-1株)  盲肠内容物、粪便、肾、脾、肝

大鼠冠状病毒/涎泪腺炎病毒  口腔拭子、唾液腺

荧光定量PCR成为用于检测病毒感染的常用的方法。不同的荧光标记物也使得多重检测成为可能，比如一个反应体系内可见检测多重荧光FAM、HEX、ROX 荧光，每种荧光探针标记1-3种病毒，从而可以实现一个孔中多种病毒的检测。 翼和生物开发了多款试剂盒。联检试剂盒中一个荧光通道可以同时检测 2-3 种病原体，但是不进行具体病原的鉴定，也就是说一旦某个荧光通道有信号阳性，那么该荧光对应的这 2-3 种病原体都有可能是阳性。鉴定试剂盒中一个荧光通道只鉴定一种病原，所以可以通过荧光信号直接判断感染的具体病原体。联检试剂盒可以与鉴定试剂盒搭配使用。