甜樱桃（Prunus avium）隶属蔷薇科李属樱桃亚属，是世界温带地区的重要核果。因其成熟早、外观艳丽、口感佳，在全球水果市场中占据重要地位，也是经济效益颇高的果树树种之一。自第一个甜樱桃基因组发布以来，分子育种取得了重大进展。但是，甜樱桃的基因组组装存在未解决的缺口，且无法区分单倍型等位基因信息，这极大地限制了对一些重要农艺性状的遗传研究。

近期，山东省果树研究所种质资源保存与创新利用创新团队完成的题为“Haplotype-resolved telomere-to-telomere reference genome of sweet cherry ‘Tieton’ v3.0 characterized the large fragment deletion associated with yellow-skinned variety”的研究在Journal of Integrative Agriculture (JIA) 2025年11期正式发表。

该研究成功组装了甜樱桃品种“美早”（Tieton）的高质量T2T基因组和纯黄色品种“13-33”的染色体水平的基因组。以甜樱桃Tieton v3.0基因组为参考基因组，通过比较基因组分析，在纯黄色品种“13-33”的3号染色体上发现了97.405 kb的大片段缺失，包含3个R2R3-MYB基因。

甜樱桃Tieton v3.0的两个单倍型基因组总长度为653.03 Mb，分别挂载到两套染色体上，共预测出67,012个编码基因，其中，在hapA中包含33,777个基因，hapB中包含33,235个基因。该基因组的准确性的质量值达到44，初始组装的conting N50超过17.94 Mb，BUSCO评估达到98.7%，两个单倍型的LTR组装指数（LAI）均超过20，达到基因组组装的金标准。该基因组提供了两个单倍型的注释，全面解析了甜樱桃杂合二倍体基因组的差异。

此外，以甜樱桃Tieton v3.0为参考基因组，发现在黄甜樱桃品种“13-33”3号染色体上存在包括3个R2R3-MYB基因在内的大小为97.405 Kb的大片段缺失。通过开发的分子标记对28个不同果皮颜色的甜樱桃品种（2个黄色，4个黄红色，22个红色）进行了验证。

该研究得到了山东省自然科学基金项目（ZR2021MC117）和山东省重点科技发展计划项目（2022TZXD006）等项目的资助。

论文信息：Ting Yu, Ke Lin, Dongzi Zhu, Xingyan Li, Qian Qiao, Po Hong, Shibo Lin, Quanfu Zhang, Qingzhong Liu, Jiawei Wang. 2025. Haplotype-resolved telomere-to-telomere reference genome of sweet cherry ‘Tieton’ v3.0 characterized the large fragment deletion associated with yellow-skinned variety. Journal of Integrative Agriculture, 24(11): 4271-4281.

https://doi.org/10.1016/j.jia.2025.07.022

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