作者：王丽 

首先发表于本实验室微信公众号：EvoDevo好好玩

生物测序技术日新月异，从最初的sanger测序到高通量illumina二代测序，以及现今炙手可热的PacBio三代测序技术，以其长读长备受科研人员青睐，面对一个样本就多达十几个G的测序数据，如何直观的看到reads在基因组的分布情况，丰度信息呢？小编今天推荐一个非常好用的可视化工具IGV,希望对大家有所帮助。

IGV,全称Intergrative Genomics Viewer,是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据，它支持各种数据，包括arrqy-based和下一代测序数据以及基因组注释文件。

在安装和配置好IGV之后，大家可以在下图所示位置选择你所感兴趣的物种基因组，IGV自带大量物种基因组，可以供大家选择，如果没有找到你所需要的物种基因组，可以在UCSC或者Ensemble上下载后,通过菜单栏中的Genomics,Load Genome From File,基因组信息如图所示。

那么怎样使用IGV观察我们的测序数据呢，IGV可以看bam,gtf格式的文件，也就是alignment file和annotation file。bam文件是sam文件的二进制格式，sam文件是生物信息学中较为常见的一种文件格式，存储reads的mapping 信息，可以通过Hisat2,BWA等比对软件产生，在加载bam文件时注意要建立Index,即后缀为.bai的索引文件，可以通过samtools实现，也可以通过菜单栏中Tools里的Run igvtools实现，具体操作如下图。在加载gtf格式的文件时操作Sort，然后通过菜单栏的File,load from file加载入IGV。

最后给大家展示一张大图，25A.bam为二代测序数据，testis.bam为三代测序数据，底部Track为Ensemble官方注释文件。我们可以在25A.bam.Coverage中直观地看到reads的丰度信息，在bam文件中看到各个基因不同的isoform及自己测序得到的不同于注释文件的isoform信息，而testis.bam则显示三代更长的reads,大家还可以自己调整感兴趣的基因组位置及比例大小。

最后给大家附上IGV下载网址http://www.igv.org/

文献链接：http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n1/full/nbt.1754.html