近日来自UCSD的科学家在 Current Biology 杂志上报道了一个in-vivo检测RNA和染色质DNA相互作用的技术——MARGI (mapping RNA-genome interactions). MARGI技术的大概原理如图1所示：首先用交联剂使得RNA和染色质发生交联，之后给RNA 3' 端连上含有生物素(biotin)且3' 端含单个胸腺嘧啶(T)突出的DNA adapter，给染色质DNA 3' 端加A，通过TA连接使得DNA与RNA完成连接；随后经过逆转录，双链变性以及再环化、酶切和靶向PCR等步骤最终完成高通量测序文库的构建。

图1来源：http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(17)30011-8

具体细节如图2所示：

图2来源：http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(17)30011-8

接下来分析一下MARGI技术的一些特点吧：

   首先就是MARGI的假阳性控制策略很巧妙，那就是将交联剂处理之后的果蝇S2细胞系样品和人细胞系样品混合后进入随后的建库流程，通过检测所构建的文库中出现同时含有人和果蝇基因组片段的比例来确定假阳性率。双端测序(pair-end sequencing)确定假阳性率为2.18%.值得学习。

   其次RNA 3' 端连adapter用的是T4 RNA Ligase 2(truncated KQ),该酶不需要ATP，可以将RNA与单链DNA或RNA连接起来（图2B,E），很好的降低了adapter连接到染色质DNA上的情况。

   然后就是用TA连接比传统的blunt end连接更高效了，但是此处小编疑惑为什么不用比TA连接更高效的方法，比如之前介绍的比TA连接更高效的建库方法——HTML PCR，将adapter 3' 端变为突出的多个鸟嘌呤(polyG),不知道是否试过该方法，或者说这种方法效率太高导致假阳性率太高？

   最后单链环化效率随着长度的增加会显著下降，所以说MARGI会漏掉很多的信息，还有改进的空间。

   话说小编去年八月份听过UCSD付向东教授关于RNA-染色质DNA相互作用的报告，只是具体实现的技术路线有所差异。

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参考文献：Systematic Mapping of RNA-Chromatin Interactions In Vivo