背景：

在虚拟筛选完以后，我们需要分析配体和受体的相互作用情况

在这些相互作用中，氢键的相互作用又显得尤为重要

记录配体的每个构象和受体的氢键情况

那个氨基酸残基上的那个原子和配体中那个原子形成氢键，距离是多少

目前没有统计角度，因为我好像在哪里看到过对接过程中H原子是动态的

方法：

recordHbondbatch.sh

要求是linux系统

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#!/bin/sh


#function: list the  h bond interaction between receptor and ligand
#author: chen zhaoqiang
#contact: 744891290@qq.com
#usage: ./recordHbondbatch.sh -liganddir xxx -receptor xxx.pdb -output hbondlog
#usage: ./recordHbondbatct.sh >>hbondlog
#some environment variable should be set,for example recordHbond.py
#system : linux

if [ $# -lt 6 ];then
   echo "#usage: ./recordHbondbatch.sh -liganddir xxx -receptor xxx.pdb -output hbondlog"
   ligdir="ligand"
   receptor="4hbk17_nadp_loop_prep_refine.pdb"
   output="hbondlog"
else
   ligdir=$2
   receptor=$4
   output=$6

fi



##traverse files ligdir
current=$(pwd)
#echo $current


#absolute path is very useful
tempath=$current"/ligand/tempp"
outputpath=$current"/tempp"
scriptpath=$current"/recordHbond.py"
receptorpath=$current"/"$receptor
ligdirpath=$current"/"$ligdir

cd $ligdirpath
if [ -d tempp ];then
       rm -fr tempp
fi
for file in $(ls );
do
   #echo $file
   if [ -d tempp ];then
       rm -fr tempp
       mkdir tempp
   else        
       mkdir tempp
   fi
   cd $tempath    
   
   #pwd
   #echo $file
   cp ../$file ./
   splitpdbs.pl -f $file
   rm $file
   for conformation in $( ls) ;
   do
       cp $receptorpath ./
   
       
       echo "$conformation $receptor"
       
       recordHbond.py -- $conformation $receptor
       rm $receptor
   done


   cd ..


done
   
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注意事项：

http://www.pymolwiki.org/index.php/Find_pairs

需要限制selection 为N O S原子

也就是把氢键限制为N O S原子之间的关系

粗糙的关系

recordHbondbatch.sh