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怎样区分我们和它们：种的定义及其争论
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我们人类自古以来就感觉自己有别于世间的其他万物。生物学家也普遍认为世间的生物应该划分为一个个独立的单元：种。
去除宗教、社会观念的因素，纯生物学家也确实很需要用种以及更高的分类单元来划分、命名世间的各种生命。只有有效地分类和命名，生物学家之间才可能彼此了解谁在说什么、研究的是什么，才能有效交流。
但怎样划分种呢？达尔文认为没有适用于所有生物的标准。但是后人不肯放弃，著名进化生物学家Ernst Mayr提出了生殖隔离的标准。也就是，不同种之间的个体之间无法交配或者交配后产生的后代没有正常的生育力。这一说法理论上很诱人，彼此之间无法繁育后代，即使偶尔交配了,后代也很快也无法融入进化的长河。这样的两群个体当然是彼此不同的，种和种之间也就存在很客观的区隔，划分种的正当性也就毫无疑问了。
但实际操作上，生殖隔离根本不可行。首先是很多生物（如细菌）没有有性生殖。就算是典型的有性生殖生物，如鸟类，也不可行。一个鸟类学家在野外看到一群未见过、未命名过的鸟，要确定是一个新种，如果按Mayr的标准，就要看看与相近物种是否存在生殖隔离。怎样才能证明存在生殖隔离，只有做杂交看有无后代、后代怎么样。实际上，几乎没有分类学家能做到这一点。
实际上，分类学上划分种，还是靠专家的经验，判断差异是否足够大。多大算大，同一大类群生物的专家把握的尺度可能差不多，不同的大类群，这尺度就差别大了。人和灵长类，差异很小也分新种、甚至新属、新科，而低等生物要立个新属那就需要差异大得多了。
最近，Science就现代人类起源的一些新进展进行了讨论。其中有一小段（The Species Problem. Science 331: 394, 2011）谈到了种的问题。现代人和尼安德特人一直被认为是不同的种，现在全基因组测序显示，二者曾经婚育，并且把基因传了下来，说明他们完全可以产生有生育能力的后代。鉴于这一点，相关研究人员比较慎重，对于俄罗斯西伯利亚的Denisovan古人没有明确说成“种”，因为他们也与现代人有婚育历史。Paabo的看法是，没必要在是不是独立种的问题上纠缠，争论再久不过得到一个描述术语词汇(Why take a stand on it when it will only lead to discussions and no one will have the final word?”.
在微生物上，人们主要用分子水平序列差异到一定程度来定种，如16S核糖体RNA相似度97%作为边界。这要求不同类群的生物具有相同或相近的进化速率，但生物进化是新变异对变化着的环境的适应，适应环境的变异发生在分类Marker上的可能性很小。基于分子差异的简单分类学显然不会精确反映生物间的进化关系。荷兰科学家Michiel Vos在Trends in Microbiology（2011年第一期A species concept for bacteria based on adaptive divergence）提出了基于适应性分化的物种概念。不同生物各自适应了自己的环境，我们就把它们分成不同的种。这一理念可以说在理论上比Mayr的生殖隔离更好反映进化关系，不仅适用于细菌，同样适用于高等动植物。但实际操作上，我担心比生殖隔离强不了太多，至少作者自己都承认The adaptive divergence concept is not likely to be applicable to eukaryotes。
种，一个生物学家离不开的概念，但也是生物学家说不清的概念。也许大家只有继续糊涂下去了。
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