kingfisher是一个便捷的下载SRA数据神器，相比NCBI提供的SRA tool kit，还需要AWS或GCP账号且这些账号可能涉及收费，实在方便多了。

该软件的下载和使用：https://github.com/wwood/kingfisher-download

但我们的服务器系统是Cent OS，未安装conda，官方提供的安装方法并不合适。

1. 下载：

 git clone https://github.com/wwood/kingfisher-download 失败，只好下载zip压缩包，手动上传到服务器。

2. 解压后，将 bin文件夹路径添加到服务器系统配置文件中：

      export PATH=$PWD:$PATH

      或者直接在系统配置文件中PATH一行加入

3. source 系统配置文件

4.执行kingfisher -h 报错：

Traceback (most recent call last):

  File "/software/kingfisher-download-main/bin/kingfisher", line 16, in <module>

    from bird_tool_utils import *

ModuleNotFoundError: No module named 'bird_tool_utils'

5. pip install bird_tool_utilis后执行kingfisher -h 仍报相同的错

6. pip3 install bir_tool_utilis 后，执行kingfisher -h 报新的错：

Traceback (most recent call last):

  File "/software/kingfisher-download-main/bin/kingfisher", line 20, in <module>

    import kingfisher

  File "/software/kingfisher-download-main/bin/../kingfisher/__init__.py", line 10, in <module>

    import extern

ModuleNotFoundError: No module named 'extern'

7. pip3 install extern后，执行kingfisher -h 报新的错：

Traceback (most recent call last):

  File "/software/kingfisher-download-main/bin/kingfisher", line 20, in <module>

    import kingfisher

  File "/software/kingfisher-download-main/bin/../kingfisher/__init__.py", line 16, in <module>

    from .sra_metadata import *

  File "/software/kingfisher-download-main/bin/../kingfisher/sra_metadata.py", line 14, in <module>

    import pandas as pd

ModuleNotFoundError: No module named 'pandas'

8. pip3 install pandas后，执行kingfisher -h 不再报错：

                ...::: Kingfisher v0.0.1-dev :::...

  get         -> Download and extract sequence data from SRA or ENA

  extract     -> extract .sra format files

  annotate    -> annotate runs by their metadata

  Use kingfisher <command> -h for command-specific help.

  Some commands also have an extended --full-help flag.

经测试，终于可以正常使用了。

使用方法：

1）下载与解压数据：

kingfisher get -r SRRID -m  prefetch ena-ftp --download-threads No

kingfisher get -p BioProjectID -m prefetch ena-ftp --download-threads No

2）数据解压(原始数据已事先下载)：

kingfisher extract --sra SRRID.sra -f fastq.gz -t No

#-f,指定转换输出的文件格式，支持fastq,fastq.gz,fasta,fasta.gz

#-t，指定线程数