与土属排序类似，第三次全国土壤普查土壤分类系统中各土属下的土种排序首先要知道各亚类下的土种划分依据与指标及其类型或等级。各亚类使用的土种划分依据与指标见“附件 5 土类亚类的土属、土种划分与命名方法（示例）”，划分土种的各指标所涉及的类型或等级见“附件 4 土种划分指标与命名规则”。使用单一指标划分土种的，直接按单一指标的类型或等级的顺序排列。两个及以上的指标划分土种的，涉及土种命名的方法，哪个指标在前，哪个指标在后。分析“全国土壤类型清单（试行版）”可知，同一土属下，先排林草地（自然）土壤土种，再排耕园地（耕种）土壤土种；土种排序时优先考虑土种名称中紧靠土属名称的指标，然后从右向左依次排序。如：

典型砖红壤亚类下土种划分依据为“铁磐层及部位/表层砾质度、腐殖质层厚度/表层 5 级质地、土体厚度”，土种命名方法为：（铁磐层及部位/表层砾质度）+腐殖质层厚度（自然土壤）/表层质地（耕种土壤）+土体厚度+土属名；选用特征土层有铁子层、耕锈层或网纹层。排序时，先按土体厚度，薄层暗泥质砖红壤先排；再按林草地（自然）土壤腐殖质层厚度排列，先薄腐，薄腐薄层暗泥质砖红壤下再看表层砾质度，无，再看铁磐层及部位，无，再看选用特征土层，无铁子层、耕锈层、网纹层，就转入中腐薄层暗泥质砖红壤土种排序，同样转入厚腐排序；自然土壤的厚腐薄层暗泥质砖红壤依次排好后，再排耕种土壤的薄层暗泥质砖红壤。根据表层质地，按砂质、砂壤、壤质、黏壤、黏质顺序排列，没有砂质、砂壤、壤质、直接先排黏壤，再看表层砾质度，按轻砾、重砾、粗骨顺序，没有轻砾，就重砾，没有粗骨就看铁磐层及部位，没有铁磐层，再看选用特征土层，无铁子层、耕锈层、网纹层，就转入黏质薄层暗泥质砖红壤；黏质薄层暗泥质砖红壤，先看表层砾质度，有轻砾，加上；没有重砾、粗骨，再看铁磐层及部位，没有铁磐层，再看选用特征土层，无铁子层、耕锈层、网纹层，就结束自然和耕种土壤的薄层暗泥质砖红壤土种排序。

自然和耕种土壤的薄层暗泥质砖红壤土种全部按顺序排完后，再排中层暗泥质砖红壤，同样，先排自然土壤，再排耕种土壤。自然土壤和耕种土壤的中层暗泥质砖红壤土种全部按顺序排完后，再排厚层暗泥质砖红壤，同样，先排自然土壤，再排耕种土壤，直至排完所有暗泥质砖红壤土属的土种。典型砖红壤亚类暗泥质砖红壤土属下的土种顺序为：

需要说明的是，土种划分指标及其类型或等级各省使用时或因《第三次全国土壤普查土壤分类系统（试行版）》本身分多种情况，或没有说清楚讲明白，或结合本省实际而有所调整，不完全统一。

土种划分、命名与排序远比土属要复杂。每一个亚类可能都有其特殊性，有待进一步规范、完善。