应急管理研究引入“机制”的范畴，抓住了对实践需求回应性最强的应急管理“部位”，成为了极富有联想性的创造。“一案三制”理论提出，要“形成统一指挥、反应灵敏、功能齐全、协调有序、运转高效的应急管理机制”，并通过几年的构建，逐步形成了这样一套行之有效的运行机制，在汶川大地震和玉树特大地震的救援中得到验证，充分证明了其科学性和创新性。

机制就是要研究在应急管理系统中各要素的机理特征和要素之间的关系。在人类的有机体中，存在着免疫系统，它的基本功能就是与不断进入人体内的病菌进行抗衡。免疫系统对外部入侵的病菌有着极其敏感的反应能力，一旦发现对人体健康有害的病菌，就会调动体内的抗体细胞进行抗争，达到不影响人体健康的目的。如果把社会看成一个大的系统，那么应急管理机制就可以看成是一个免疫系统。突发事件的发生就正如一个病菌体在不断破坏社会系统的平衡。这两个相互对立的系统正体现了社会的两种主要功能，正功能和负功能。应急系统减少社会冲突，维护社会的稳定；而突发事件扰乱社会秩序，破坏社会正常运行，两种系统处于一种此消彼长的动态博弈中。免疫系统强大，病菌体造成的损害自然就会减少，同样，应急机制完备而高效，突发事件造成的损害就会降到最低；反之，应急机制不完善，事件造成的破坏性就会增强，社会系统的不稳定性加剧。

以往研究应急管理机制，都是从突发事件的发生、发展、衍生及其影响扩散的自身规律入手，提出危机在不同的阶段需要使用的应急管理措施，如危机潜伏期、突发期、蔓延期、解决期、善后期，分别采用什么手段和资源应对。可以概括为“生命周期”理论。这一理论揭示了在突发事件过程中每一节点上的特征，但并未说明在某一时间段中横断面的情况，无法从总体上把握应对突发事件的全面应急管理。所以，必须加以发展。“一案三制”关于应急管理机制的研究继承了对突发事件的发生、发展的理论成果，进一步提出要研究“突发公共事件的发生过程、性质和机理”，并要按此来对突发公共事件进行分类，实施分类管理，对每一类突发事件应有不同的协同机制，提高分类管理管理的效能，并提出要从整个突发事件与应急管理的全过程的运行机理中实现应急管理的协同性和综合化。

应急管理机制通过预警机制、指挥决策机制、应急联动机制、公共沟通机制、分级响应机制、动员机制、惩奖机制、评估机制等，实现应急管理的系统化。比如，应急管理机制常常表现为，政府在面对突发事件时，立即启动突发事件的反应机制和应对系统，并同时建立处置突发事件的指挥中心，在突发事件协调机构的运作下，确认了突发事件状态与程度后，适时向公众公布事件真相，向上级政府如实汇报事件发展势态和控制情况，同时，通过各种调查方法的运用，查明事件的真实原因，从而制定应对事件的具体方案，并组织应对方案的实施，在事件平息后进行最后评估等一整套的工作进程。这其中，有很多运行是同时进行的，若没有科学的应急管理机制发挥作用，则根本无法做到“有备无患”、“一呼百应”、“一方有难，八方驰援”。我国在培育应急管理机制时，重视应急管理信息平台建设。国务院和有关地方政府在“十一五”期间规划并启动了应急平台建设工程，公共安全监测监控、预测预警、指挥决策与处置等核心技术难关已经基本攻克，国家统一指挥、功能齐全、先进可靠、反应灵敏、实用高效的公共安全应急体系技术平台在建，为构建一体化、准确、快速应急决策指挥和工作机制提供支持。