博文
如何使用R语言搜索DNA序列中的非碱基符号
|||
如何使用R语言搜索DNA序列中的非碱基符号
熊荣川
六盘水师范学院生物信息学实验室
http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz
都知道在设计引物时，为了增加引物的广谱性，常常会使用简并引物。其实，在我们从Genbank中下载的很多序列常常有许多位置上并非碱基符号，有些时候这些符号也代表一定的简并信息。另外在并对完序列之后，许多位置上常常会出现“-”和“？”等符号。当我拿到一条序列时候，我们很想知道序列中有没有除了碱基以外的符号。下面我们就通过R语言中的unique函数来实现这一功能。
|
> |
data <- readLines("D:\ziliao\zhuanye\R bear\isk4.fastr") |
导入fastr格式的序列 |
|
> |
data <- strsplit(data,'') |
分割 |
|
> |
data <- unlist(data) |
打散成为单字符元素的字符向量 |
|
> |
unique(data) [1] "C" "G" "T" "A" "-" "?" "N"
|
去掉重复，搜索到非碱基符号 |
注：关于fastr格式，参考我们的博文
http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=508298&do=blog&id=553655
https://blog.sciencenet.cn/blog-508298-555633.html
上一篇：如何使用R语言批量导入表格数据
下一篇：一段可以获取DNA反向序列的R语言函数代码
