限制性核酸内切酶（restriction endonuclease）:识别并切割特异的双链DNA序列的一种内切核酸酶。

限制酶识别序列的长度

　　限制酶识别序列的长度一般为 4-8 个碱基，最常见的为 6 个碱基（表2-3）。当识别序列为 4 个和 6 个碱基时，它们可识别的序列在完全随机的情况下，平均每 256 个和 4096 个碱基中会出现一个识别位点（4^4=256，4^6=4096）。以下是几个有代表性的种类，箭头指切割位置。

　　4 个碱基识别位点：Sau3AⅠ ↓GATC

　　5 个碱基识别位点：EcoRⅡ ↓CCWGG

　　NciⅠ CC↓SGG

　　6 个碱基识别位点：EcoRⅠ G↓AATTC

　　HindⅢ A↓AGCTT

　　7 个碱基识别位点：BbvCⅠ CC↓TCAGC

　　PpuMⅠ RG↓GWCCY

　　8 个碱基识别位点：NotⅠ GC↓GGCCGC

　　SfiⅠ GGCCNNNN↓NGGCC

　　以上序列中部分字母代表的碱基如下。

　　R=A 或 G Y=C 或 T M=A 或 C

　　K=G 或 T S=C 或 G W=A 或 T

　　H=A 或 C 或 T B=C 或 G 或 T V=A 或 C 或 G

　　D=A 或 G 或 T N=A 或 C 或 G 或 T

限制酶识别序列的结构

　　限制酶识别的序列大多数为回文对称结构，切割位点在 DNA 两条链相对称的位置。 EcoRⅠ 和 HindⅢ 的识别序列和切割位置如下。

　　EcoRⅠ G↓AATTC HindⅢ A↓AGCTT

　　CTTAA↑G TTCGA↑A

　　有一些限制酶的识别序列不是对称的，如 AccBSⅠ[CCGCTC（-3/-3）] 和 BssSⅠ[CTCGTG（-5/-1）]。识别序列后面括号内的数字表示在两条链上的切割位置。

　　AccBSⅠ CCG↓CTC BssSⅠ C↓TCGTG

　　GGC↑GAG GAGCA↑C

　　有一些限制酶可识别多种序列，如 AccⅠ 识别的序列是 GT↓MKAC ，也就是说可识别 4 种序列，其中两种是对称的，另两种是非对称的。 HindⅡ 识别的序列是 GTY↓RAC 。

　　有一些限制酶识别的序列呈间断对称，对称序列之间含有若干个任意碱基。如 AlwNⅠ 和 DdeⅠ ，它们的识别序列如下。

　　AlwNⅠ CAGNNNC↓TG DdeⅠ C↓TNAG

　　GT↑CNNNGAC GANT↑C

限制酶切割的位置

　　限制酶对 DNA 的切割位置大多数在内部，但也有在外部的。在外部的，又有两端、两侧和单侧之别。切点在两端的有 Sau3AⅠ（↓GATC）、NlaⅢ（CATG↓）和 EcoRⅡ（↓CCWGG） 等；在两侧的有 BcgⅠ[（10/12）CGA（N）6TGC（12/10）]和 TspRⅠ（CASTGNN↓）， BcgⅠ 酶的切割特性与其它酶不同，它们在识别位点的两端各切开一个断点，而不是只产生一个断点。切点在识别位点外侧的还有 BbvⅠ[GCAGC（8/12）] 和 BspMⅠ[ACCTGC（4/8）] 等。

　　BcgⅠ ↓10（N）CGA（N）6TGC（N）12↓ TspRⅠ NNCAC（G）TGNN↓

　　↑12（N）CGA（N）6ACG（N）10↑ ↑NNGTG（C）ACNN

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