本次论坛特别邀请了北京大学生物医学前沿创新中心主任、北京大学生命科学院终身讲席教授张泽民教授，作了主题为“以生物信息数据整合解码肿瘤微环境”的精彩报告。论坛由复旦大学生命科学学院计算生物学系主任曹志伟教授主持，来自全国的6000余名专家、学者线上参加了本次论坛。

张泽民教授
张泽民博士，国家特聘教授，长江学者，北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）主任、北京大学生命科学院终身讲席教授、北大-清华生命联合中心资深研究员。在2014年加入北大以前就任美国基因泰克近16余年，负责生物信息学和癌症基因组学研究，挖掘抗癌靶点。他实验室目前致力于用前沿的基因组学和生物信息学技术来解决癌症生物学中的核心问题，包括应用单细胞测序技术来研究肿瘤微环境，在基因组水平研究肿瘤免疫以及各种细胞成分对肿瘤功能和药敏的影响。他作为通讯作者在Nature, Science, Cell正刊杂志发表12篇文章，总SCI引用近3万次；其中发表的二十多个生物信息工具被引用一万多次，4次入选中国生物信息学十大进展。他领导的肿瘤免疫微环境研究获得了2021年北京市自然科学一等奖。他担任了国家卫计委精准医学研究重点专项首席科学家，承担了国家自然科学基金重点和重大项目，现任国自然重大研究计划指导组专家成员。他也是几个国际顶尖杂志（包括Cell, Cancer Cell, Cancer Discovery, Cell Research，Cell Systems）的编委。

曹志伟教授

论坛开始，主持人曹志伟教授代表主办方对莅临的嘉宾及观众表示热烈欢迎，并对上海国际人类表型组研究院（IHPI）、Phenomics表型组学期刊、复旦大学人类表型组研究院（HuPI），以及演讲嘉宾张泽民教授做了简要而隆重的介绍。

报告中，张泽民教授首先简要回顾了过去的研究历程，并介绍了团队在生物信息学方面的研究理念：赋能新技术、启迪新概念、解读复杂科学。长期以来，团队秉持该理念开发了二十多个生物信息工具，为领域内序列和突变功能预测、基因表达和整合以及单细胞数据处理和解读提供了重要支持。接着，张教授介绍了近年来肿瘤研究与治疗思路变化的发展历程。他指出，在肿瘤免疫治疗应答中存在异质性，当前免疫位点治疗方面的进展仅对20%-30%的患者有效，针对免疫逃逸机制进行进一步研究需要在肿瘤微环境中寻求突破。
其次，张教授介绍了团队在探索与理解肿瘤微环境方面的工作进展。团队从2017年开始，陆续鉴定发现了多种肿瘤特异性细胞类型，包括Exhausted T cells，Activated Tregs，Th1-like cells，LAMP3+ DC，SPP1+ TAM，C1QC TAM等。上述发现的细胞类型在肿瘤中存在富集现象，但所发挥功能还需进一步探索，未来有望针对这些筛选出的细胞类型挖掘新的肿瘤治疗策略。相关研究已发表在Cell，Nature，Science等重磅杂志上。张教授还介绍了团队在捕捉肿瘤微环境特征动态变化方面的一些工作成果。例如，团队于2018年完成了STARTRAC生物信息工具用于解读T细胞动态特征，以TCR作为标签成功追踪了T细胞在结直肠癌中的分布。另外，张教授重点介绍了团队在肿瘤微环境异质性方面的突破。例如，团队在2021年完成了肿瘤浸润髓系细胞的单细胞转录组比较研究，对15个癌种内浸润髓系细胞进行了系统性刻画，发现了肥大细胞在不同癌种内的异质性，存在TNF+和VEGFA+两类肥大细胞，LAMP3+ DC广泛存在于所有癌种，SPP1+ TAM只存在于特定癌种等现象。同年，团队完成了肿瘤浸润T细胞的单细胞转录组比较研究，发现了不同T细胞亚型在21个癌种间分布存在显著差异，通过研究还定义了T细胞耗竭的路径，鉴定了关键的前体细胞与调控因子，并阐述了不同癌症类型中各免疫细胞分型的情况。
最后，张教授介绍了团队近期探索NK细胞在不同癌种肿瘤特征的研究进展，相关研究已发表在Cell杂志上。团队收集整理了大量公开的单细胞转录组数据，涉及24种癌症类型，包括了来自716名患者和47名健康对照的1223个样本NK细胞单细胞表达谱数据。团队克服数据整合的多项难点，包括高精度分离NK细胞、去除复杂的批次效应等，首次在泛癌水平系统地鉴定到了14类NK细胞亚群，详细地刻画了各类群的表型和功能多样性。基于整合的数据资源，团队发现，NK细胞的亚群组成在不同癌症类型间表现出了明显的偏好性，肿瘤、癌旁组织和外周血中的NK细胞亚类分布也具有明显的差异。通过转录组定量分析，敏感性和特异性检验等生物信息技术筛选，发现RGS1特异高表达在非血液来源的NK细胞上。该发现为领域内进一步研究NK细胞的组织浸润提供了新的研究方向，也进一步突显了通过整合数据分析研究关键生物学问题的可行性。
生命天眼论：Phenomics表型组学前沿论坛将持续为大家提供高质量的讲座，第七十期生命天眼论：Phenomics表型组学前沿论坛将于9月12日（下周二）晚上20:00-21:30举行，届时将由中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员，带来主题为“肠道菌群与健康：关联、因果与调控”的报告。敬请各位同仁关注！

Phenomics期刊简介

Phenomics是一本新创的同行评审国际期刊，聚焦表型组学前沿研究，搭建全球表型组学领域专家交流的国际平台，推动该领域相关的理论创新和学科发展。

本期刊拥有强大的国际编委团队，复旦大学金力院士担任主编，美国系统生物学研究所Leroy Hood院士、澳大利亚莫道克大学Jeremy Nicholson院士、德国莱布尼兹环境医学研究所Jean Krutmann院士、复旦大学唐惠儒教授共同担任副主编，复旦大学丁琛教授担任执行主编，另有来自全球多国的三十多位著名科学家共同组成编委团队，以及四十多位青年科学家组成青年编委团队。

我们诚挚地邀请广大科研人员投稿！ 

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文章来源：人类表型组计划公众号