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REPBRE论文推荐┃基于RNA和单细胞测序数据鉴定与心肌炎相关的关键转座元件 精选

已有 3331 次阅读 2024-5-30 14:51 |系统分类:科研笔记

本研究利用实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型的RNA测序和单细胞测序数据,探讨转座元件 (TE)在调节心肌病免疫反应中的作用。研究结果揭示了在自身免疫性心肌炎小鼠模型中一系列免疫基因和转座子的显著上调, 尤其是ERVB7-1.LTR-MM转座子在自身免疫性心肌炎小鼠心脏的所有免疫细胞中都特异性表达,提示TE对该疾病的免疫机制有显著影响。

转座元件(TE)在历史上被视为基因组寄生虫,现在已被认为是细胞身份和功能的重要贡献者,特别是在免疫调节方面。

哺乳动物基因组含有大量的转座子( Tes)。这些元素的多样性和丰度影响着基因组的结构、功能和进化。 它们通过改变转录因子结合位点和创造新的增强子活性来影响基因调控网络。 越来越多的证据强调 TE 在各种疾病中的关键作用,特别是在调节免疫力方面。 然而,在心肌炎的背景下,人们对TE的影响明显缺乏关注,这凸显了一个潜在的研究领域,可能为驱动这种心脏疾病的分子机制提供新的见解。

湖南师范大学的研究小组利用RNA-Seq和单细胞 RNA-Seq数据,鉴定了与心肌炎相关的关键转座子。

该团队利用公开的数据库来探索TE在心肌炎中的作用。分析了RNA Seq数据和单细胞测序数据,重点关注实验性自身免疫性心肌炎(EAM)的小鼠模型。 RNA-Seq分析揭示了心脏组织中一系列免疫基因的显著上调。

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该示意图说明了在 EAM 小鼠中观察到的免疫基因和转座元件 (TE) 的广泛激活

该研究的第一作者陈思行博士分享道:“我们进一步利用心脏免疫细胞的单细胞测序研究,鉴定出在不同类型心脏免疫细胞中的特异性表达的转座子。并且,我们观察到转座子ERVB7-1.LTR-MM在实验性自身免疫性心肌炎(EAM)的小鼠模型心脏免疫细胞中特异性表达,表明该转座子对该疾病背景下的免疫反应具有广泛影响。”

“我们的研究结果强调了心肌病中TE与免疫系统之间复杂的相互作用,强调了这些元素在调节免疫反应方面的潜力,并有助于我们了解心肌病的发病机制。 这些观察结果为进一步研究 TE 在心脏病中的作用、优化新的治疗策略开辟了道路。”陈博士补充道。

该项研究已发表在期刊Reproduction and Breeding上,欢迎领域内的学者同仁阅读、下载

Yuequn Wang., et al., Identification of key TE associated with myocarditis based on RNA and single-cell sequencing data mining, Reproduction and Breeding, Volume 4, Issue 2, 2024, Pages 102-109, 

https://doi.org/10.1016/j.repbre.2024.03.001

期刊及主编介绍

Reproduction and Breeding是一本高质量的开放获取期刊,旨在发表动物、植物、人类和其他生物体的繁殖及与繁殖相关的理论和应用。本刊涵盖了繁殖与育种领域的各个方面,包括遗传学、发育生物学、生物技术、生物化学与分子生物学、细胞生物学、水生生物学、动物学、植物学、内分泌学、生理学、人类生殖生理学等。该期刊为繁殖与育种领域的理论和技术的新发现,提供了重要、严谨和活跃的学术交流平台。所有投稿的文章都将经过严格的同行评审,一经录用,全文可在ScienceDirect平台上免费下载。

目前,期刊已被CAS、CAB Abatracts、Scopus、DOAJ、EBSCOhost 等重要数据库收录。

主编:刘少军 

湖南师范大学教授

中国工程院院士

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