研究人员开发了病毒挖掘流程来研究水生动物作为食物来源存在的潜在威胁。通过将水生动物转录组数据与人类呼吸道和肠道相关病毒的基因组数据进行比对，研究人员并未在水生动物转录组中找到与人类相关的病毒。因此，只要处理得当，水生动物为人类健康带来的风险可以降至最低，同时人类还可以无忧享用其提供的巨大营养益处。

水生动物历来是人类重要且富含营养的膳食来源，在33亿人口的动物蛋白摄入中占比近20%。与陆生动物不同，目前还没有证据显示水生动物是人畜共患病毒的宿主。然而，尽管发病率明显低于家禽和牲畜，但目前发生的多起来自冷链水产食品和环境样本的新冠病毒(SARS-CoV-2)病例还是引起了全世界的关注。

来自中国和加拿大的研究人员开发了一种病毒挖掘流程来评估水生动物感染的风险。

第一阶段是从公开可用的数据库中收集并筛选常见食用水生物种的转录组和基因组数据。这项工作获取了70个水生物种的RNA-seq库和55个水生物种的参考基因组。科研人员同时下载了人类呼吸道和肠道相关病毒基因组序列(如冠状病毒和流感病毒)来构建病毒参考基因组库。此项研究采用了两种策略将水生动物的转录组比对到人类呼吸道和肠道相关病毒的基因组上。

“所有阳性对照组都出现了阳性结果，这证实了我们流程和方法的可靠性。”资深的共同通讯作者、云南大学生物资源保护与利用国家重点实验室的罗静教授解释道，“此外，两种绘图策略都从鲑鱼皮肤样本中识别出甲型流感病毒(IAV)碎片。该碎片可能是采样过程中受到污染或者由鱼类的IAV感染引起的，因为同一S. salar样本其他组织的转录组中不存在类似的病毒碎片。”

病毒通过水生动物传播给人类的途径

研究人员通过再次组装和构建系统发育树分析，恢复并验证了这种与人类相关的病毒碎片。结果显示该碎片与人类IAV（H7N9）具有高度同源性。

“我们认为该碎片很可能因人为处理样本不当造成了污染，而不是病毒感染。”罗静教授补充道。“除了这个假阳性结果之外，本项研究并未在其他水生动物转录组中发现任何与人类相关的病毒。”

最近的多起SARS-CoV-2病例表明，冷链食品和环境污染在SARS-CoV-2的传播中发挥了作用，而并非通过人类污染。研究小组得出的结论是，水生动物是人类蛋白质的安全来源，必须要在加工和储存时作好安全防护。“由此可见，冷冻水产动物产品的加工对于控制病毒的传播至关重要，应该提高监管及监控措施。”罗教授最后强调道。

该篇文章已发表在期刊Reproduction and breeding上，欢迎领域内学者同仁阅读、下载，文章路径：

Yuan Chen., et al., Transcriptome analysis confirms aquatic animals have less risk by carrying on human respiratory viruses, Reproduction and Breeding, Volume 3, Issue 4, 2023, Pages 161-168

https://doi.org/10.1016/j.repbre.2023.09.002

Reproduction and Breeding是一本高质量的开放获取期刊，旨在发表动物、植物、人类和其他生物体的繁殖及与繁殖相关的理论和应用。本刊涵盖了繁殖与育种领域的各个方面，包括遗传学、发育生物学、生物技术、生物化学与分子生物学、细胞生物学、水生生物学、动物学、植物学、内分泌学、生理学、人类生殖生理学等。该期刊为繁殖与育种领域的理论和技术的新发现，提供了重要、严谨和活跃的学术交流平台。所有投稿的文章都将经过严格的同行评审，一经录用，全文可在ScienceDirect平台上免费下载。

目前，期刊已被Scopus、DOAJ、EBSCOhost 等数据库收录。

主编：刘少军 

湖南师范大学教授

中国工程院院士

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