1.什么序列适合建树？（建树的前提）

很多同学老师都习惯性的拿到序列，直接多重比对后，顺手拿个软件就直接建树。殊不知，有些序列根本就不适合建树，构建的系统发育树根本没有意义，不过徒增一个冗余数据而已，这种情形也常见于一些国内期刊中。

首先我们要明确建树都有一定的前提，比如：对于核苷酸序列，其中最主要是序列饱和度检验（Test of substitution saturation）。如果建树所用的序列已趋于饱和状态，就完全没有必要建树。

2. 建树常见的方法有哪些？

常见的建树方法有：

邻接法（Neighbor-Joining, NJ）

最大似然法（Maximum Likehood, ML）

最大简约法（Maximum Parsimony, MP）

和贝叶斯法（ Bayesian inference, BI）

NJ法构建的树相对准确，假设少，计算速度快 ，只得一颗树。适用于进化距离不大，信息位点少的短序列。缺点是序列上的所有位点等同对待，且所分析的序列的进化距离不能太大；

ML法对所有可能的系统发育树都计算似然函数，似然函数值最大的那颗树即最可能的系统发育树。在进化模型确定的情况下，ML法是与进化事实吻合最好的建树算法，但缺点是计算强大，耗时太久哦。

MP法适用于序列残基差别小，具有近似变异率，包含信息位点比较多的长序列。缺点是推测的树不是唯一的，变异大的序列会出现长枝吸引而导致建树错误。

BI法适用于大或复杂的数据集，缺点是对进化模型比较敏感，BI法中指定的每个氨基酸的后验概率建立在许多假说条件下，在现实中可能不成立。

3.如何建树？

（1）多重序列比对；（2）序列保守区选择；（3）核苷酸替代模型选择（蛋白质类似，MP法不需要这个步骤）；（4）选择建树方法（NJ、ML、BI、MP）...

4.如何进行建树的多重比对？

速度：Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee；

准确性：MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW

所以推荐使用MAFFT这款多重比对软件（之前小圆也介绍过这款软件噢，回复数字“6”查看~）

5.如何处理冗余的序列？（保守区的选择）

人为手式删除冗余序列，偏向主观化，数据不具重复性，推荐使用Gblock 0.91b软件来处理，在线服务器：http://www.phylogeny.fr/version2 ... i?task_type=gblocks，Gblock适用于长的多重比对序列，如果多重比对序列较短，不推荐使用Gblock处理。

6.系统发育树左下角的标尺表示什么？

根据是否带有尺，系统发育树可分为标度树和未标度树。标度树上的标尺单位因不同算法而异，NJ树的表示遗传距离，MP树的表示性状状态变换的步骤数，ML树和BI树的每个位点上的替换数。

7.如何在Figtree中显示MrBayes生成树的后验概率？

Figtree首次打开树文件时，需要先定义标签（Label）的名称（如：BI法的推荐用 prob 或 posterior，MP、ML等推荐用Bootstrap），然后在主菜单左侧“Node labels”或“Branch Labels”－“Display”下拉菜单选择定义好的名称即可。

8. 核核苷酸替换模型选用的标准哪些，如何选择标准？

常见的有hLRT、AICc、BIC和DT标准，当参照不同的标准会得到不同的模型参数时，建议选用AIC或BIC标准。

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