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作者：小丫  来源： 嘉因

1. RNA-seq数据 + 别人的ChIP-seq数据，准确找到靶基因，详见《RNA-seq这样画图，国自然必得A》；
   

2. RNA-seq数据，转换成ATAC-seq，挖出关键调控因子，详见《任意两组RNA-seq变身，国自然得AAA》；

3. RNA-seq数据，找enhancer expression，挖明星分子的远距离调控机制，详见本文。

“enhancer expression”是啥？

2010年的Nature，Kim等人发现：基因转录时，不仅promoter附近转录出mRNA，enhancer区域也转录出RNA，也就是enhancer RNA（eRNA）。eRNA预示着active enhancer。

Figure 1 : Enhancers near the c-fos gene with increased CBP/RNAPII/NPAS4 binding and eRNA production upon membrane depolarization.

出自Kim, T.K., Hemberg, M., Gray, J.M., Costa, A.M., Bear, D.M., Wu, J.,Harmin, D.A., Laptewicz, M., Barbara-Haley, K., Kuersten, S. and Markenscoff-Papadimitriou, E., 2010. Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers. Nature, 465(7295), p.182.

同期刊载了任兵为这一发现写的VIEWS：

Figure 1 | Unsuspected sites of transcription. a, Kim et al. find that, before treatment with KCl, neuronal enhancers and promoters are in an open configuration but produce no RNA transcripts, or only low levels of them.b, On activation by membrane depolarization following KCl treatment, transcription factors and RNA polymerase (RNAP) bind to enhancers, and enhancer RNA (eRNA) is made. Simultaneously, RNAP and transcription machinery also bind to promoters and initiate mRNA transcription. c, If the promoter is truncated, the enhancer still binds transcription factors and RNAP but can no longer make eRNA.

出自Ren, B. (2010). Transcription: Enhancers make non-coding RNA.Nature 465, 173–174.

怎样找enhancer？

读Review，总结了1种预测方法和6种实验方法，优点、缺点和参考文献，见文末。

1. Computational Analysis of Conservation and TF-Binding Motifs

2. Regulator Binding. p300 ChIP-seq

3. Chromatin Accessibility. DNase-seq, FAIRE, ATAC-seq

4. Histone Modifications. H3K4me1, H3K27ac

5. Chromosomal Interaction. ChIA-PET

6. Functional Enhancer Screening by Reporter Assay

7. eRNA-Based Detection

怎样找active enhancer？

用其中的第7种方法，特异性的找到active enhancer。

这么多方法，小丫推荐哪个？

7种方法各有所长，我喜欢把目标细胞类型里所有已发表数据都找出来，放在一起看。

1. 用H3K4me1和H3K27ac找到一大片结合信号；

2. 用p300、PolII、DNase/ATAC-seq提高resolution；

3. 用ChIA-PET/Hi-C找enhancer结合的是哪个基因的promoter；

4. 用eRNA区分active和poised enhancer；

5. 如果目标组织特别难获取，1-4步所需的数据有限，就用基于motif和保守性的纯分析方法做预测；

6. 锁定几个目标，用3C、Reporter Assay验证。

最后画出《他中了国自然，因为最后一周补了这张图》里的神图，放在文章里，作为key figure。

回复“enhancer”，直达表格网页

出自Murakawa, Y., Yoshihara, M., Kawaji, H., Nishikawa, M., Zayed, H., Suzuki, H., and Fantom Consortium, and Hayashizaki, Y. (2016). Enhanced Identification of Transcriptional Enhancers Provides Mechanistic Insights into Diseases. Trends Genet. 32, 76–88. 

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