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下下代测序技术:面条PK米饭

已有 6483 次阅读 2012-2-19 03:10 |个人分类:生物技术创新创业|系统分类:科研笔记| 生物技术, 创新创业, 高通量测序

这几天行业新闻就是新出场的“下下代”测序技术,Oxford Nanopore。在佛罗里达开的测序会AGBT上发布这个消息以后,几个相关的“下一代”测序公司的股价都受到影响而下滑:



股价不一定就是晴雨表,这个技术到底有多大用途?什么时候能够产业化?这些都还是问题。

我还没有来得及深入研究这个技术,以前听过相关的演讲。知道这个技术的特点是不需要扩增,也就没有相关的复制误差。技术原理有点象在吃面条,抓住一头一吸,从头读到尾;而现有的高通量技术则有点像吃米饭,一粒粒的很短,需要读很“深”才能避免出错。

如果是那样,可能这个技术的好处是分析几个细胞的基因组,有点象抽蚕丝一样,把一根DAN分子通读一下,得到比较完整的全基因组序列。所以他们拼的不是通量,而是长度和精确度。同时,他们的好处是对标本要求比较低,价格低,速度快,体积小。

不过他们也不是万能的。比如我们免疫组库的测序就还是需要象Illumina HiSeq那样的高通量技术平台。因为我们需要测序的是标本中几十万个不同的T细胞或B细胞受体,而且每个分子都是“从新测序”(de novo sequencing), 不是重复测序。

所以,不是每个全新的技术平台都能完美地替代前一代的产品。就如Ion Torrent不能取代454和HiSeq一样。有的客人喜欢吃米饭,有的就喜欢面食,生物技术也是如此。不能盲目崇拜某个平台,要学会冷静,清醒地分析不同平台的优缺点,找到自己介入和发挥的机会。

在这个AGBT会议上,我们也有两个演讲(我没有参加,合作者发表):一个讲R10K项目;另一个讲用Ion Torrent做免疫组库测序。两个演讲都得到很好的反映,又多了几个申请R10K合作的科学家。


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