ljxue的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/ljxue Liangjiao Xue, Bioinformatics is my favorite.

博文

Racon安装(基因组组装)

已有 9707 次阅读 2019-5-13 22:24 |个人分类:Bioinformatics|系统分类:科研笔记| Racon, 基因组组装, conda

答案:

conda install -c bioconda racon



Racon是一个基于minimap和miniasm的,构建一致性序列(consensus)的一款软件,速度快是其特点。

一般这样就可以了。

# Install minimap and miniasm (requiring gcc and zlib)
git clone https://github.com/lh3/minimap && (cd minimap && make)
git clone https://github.com/lh3/minimap2 && (cd minimap2 && make)
git clone https://github.com/lh3/miniasm && (cd miniasm && make)

# Install Racon (requiring gcc 4.8+ or clang 3.4+, and cmake 3.2+)
git clone --recursive https://github.com/isovic/racon.git racon
cd racon
mkdir build
cd build
cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ..
make

不知道从什么时候其Github也开始不能稳定访问了,折腾了一圈,得到类似的错误。

/tmp/ccXiHDpV.s:5338: Error: no such instruction: `vpbroadcastd %xmm0,%ymm0'
/tmp/ccXiHDpV.s:5486: Error: no such instruction: `vpbroadcastd %xmm0,%ymm0'
/tmp/ccXiHDpV.s:6477: Error: no such instruction: `shlx %r9,%r15,%rax'
/tmp/ccXiHDpV.s:6489: Error: no such instruction: `shlx %r10,%r15,%r14'
/tmp/ccXiHDpV.s:6582: Error: no such instruction: `vpbroadcastq %xmm1,%ymm0'
/tmp/ccXiHDpV.s:6616: Error: no such instruction: `shlx %rbx,%rsi,%rdx'
/tmp/ccXiHDpV.s:6634: Error: no such instruction: `shlx %rdx,%r8,%rcx'

搜索提示是intel的新指令。


最后,得到了

conda install -c bioconda racon

这个解决方案。

感谢conda,感谢google,预祝conda持续成长。




https://blog.sciencenet.cn/blog-285393-1178834.html

上一篇:PacBio数据处理中chemistry 组合错误
下一篇:新基因 vs 新功能
收藏 IP: 218.2.103.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-11-23 05:14

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部