一、一个“因果”悖论“陷阱”

     “鸡和鸡蛋哪一个最先出现？” 设问本质上属于一个哲学悖论，即当两个事件似乎同时可以作为彼此的“因”和“果”时，很难推测其中任何一个事件都可能先于另一个事件。

   这种“因果关系”悖论在现实世界中比比皆是♤，比如古希腊时期的哲人亚里士多德就曾陷进这个“哲学陷阱”无法自拔！他说：“如果有第一个人，他一定是没有父亲或母亲出生的——这与自然相悖”@（“If there has been a first man he must have been born without father or mother – which is repugnant to nature”）。如今这种“悖论”俨然同已经成为人类逻辑哲学“经典陷阱”。

    这个“陷井”同样“困住”了生命科学家。

二、何以为“鸡”？何以为“蛋”？

     上个世纪七十年代Crick 提出分子遗传／生物学的“中心法则（central Dogma)，他提出生命信息的“流向”是从“DNA->RNA->多肽／蛋白质”（尽管后来有同志用“反转录”对这个法则进行过质疑，但最终并没有动摇人们的普遍认同。于是，分子遗传／生物学从业者们就突然想到了前面陈述的“陷阱”，他们想弄明白，参与搭建“中心法则”的DNA 、RNA 和蛋白质（这里不是多肽）这种显然呈“因果关系”的生命分子究竟哪一个为“因”在先？@哪一个为“果”在后？它们各自既可为“鸡”亦可为“蛋”！@构成一个“The chicken and the egg problem ／Paradox( 哪一个came first ？）

   这包括1、DNA和RNA; 2、RNA 和蛋白质；3、蛋白质和可遗传的“信息”，以及蛋白质和多肽（分别属于两套“密码”系统，除此之外还包括“组蛋白密码”）

   以及＊涉及“遗传”与“表观遗传”的“拉马克的“鸡””和“达尔文的“蛋””的因果悖论（如下图，另篇论述）

       遗传和表观遗传（涉及 可遗传性状和遗传信息的产生的因果顺序）

 Lamarck's chicken? Darwin 's egg？ 

   三、系统的“闭环”特征

   “先有鸡还是先有蛋？”这类“因果关系”出现在生命运动显然赋予了生命运动的“系统性”，参与这个系统的成员彼此有可能呈互为因果，体现系统内的“闭环”和系统间的“开放”特征，同时...

（遗传信息解读的中心法则）, 细菌和线粒体中特定场景中RNA转录启动DNA 复制，什么时候依赖DNA 模板的引物酶和RNA聚合酶出现了分工？

  （一）  基于催化酶结构保守性的DNA 和RNA 进化关系...

    以下是基于蛋白质二级结构和超二级结构的情形推测出的参与三界生物（真核、原核和古细菌）RNA 聚合酶（依赖RNA模板，包括真核非编码RNA,ncRNA、新冠病毒在内的RNA 病毒）; 依赖DNA 模板的用于mRNA、rRNA、tRNA、引物RNA; 依赖RNA 模板“反转录”（对应中心法则的“转录”）。

     DNA复制工具酶（DNA聚合酶的产生和进化）

 （二） 基于聚合酶结构保守性的进化关系...

负责 DNA 、RNA 复制的DNA 聚合酶和RNA 聚合酶之间的进化关系

   （这一部分需要时间写完）

四、我在思考什么❓

    我想搞清楚的是，引物酶与转录酶，特定疾病条件下的“转录酶”转录出的RNA和DNA模板紧紧结合(R-环，见我们的文章：R-loop structure: the formation and the effects on genomic stability ☆），要么引发突变；要么干扰“中心法则”运转（包括基因编辑 gRNA, 目前很热的所谓“基因编辑”）；要么发生了“返祖”，比如已在原核细胞内组成型 和诱导型stable DNA 复制，以及线粒体环状DNA 的复制...

（未完）

注：

☆ 用R-loop structure: the formation and the effects on genomic stability

​这个文章有我们提出的疾病分子机制模型，自发表后几乎每年都有引用，希望那个模型变得越来越多人知道...

♤潘学峰 几率、缘分、奇迹和现代科学思想，澳华文学网    https://www.aucnln.com/article_20451.htm