在即将出版的《Perl生物信息学编程》一书中，有这样一个实例练习：用Perl单行命令来确定仅见于skin的多肽、仅见于muscle的多肽以及两者都有的多肽。两个数据文件skin、muscle见GitHub。书中给出的参考答案如下。

1、仅见于皮肤的多肽：

perl -ne 'if(!$#ARGV){$h{$_}=1} else{print if !$h{$_}}' muscle skin >skin.prl

2、仅见于肌肉的多肽：

perl -ne 'if(!$#ARGV){$h{$_}=1} else{print if !$h{$_}}' skin muscle >muscle.prl

3、两者都有的多肽：

perl -ne 'if(!$#ARGV){$h{$_}=1} else{print if $h{$_}}' skin muscle >both.prl

简要解释：通过-e进入单行模式，执行单引号之间的代码；-n选项相当于while (<>) { ... }，会依次读取单引号中单行命令后列出的文件。在单行命令模式中，后面提供的文件名作为命令行参数，存入了@ARGV，而#ARGV则返回了@ARGV数组最后一个元素的下标。由于Perl中数组下标默认从0开始，上述命令行有两个文件名作为参数，因此刚开始时，$#ARGV为1（可在BEGIN中检验）。但是，一旦读入第一个文件，相当于$ARGV=shift@ARGV，这时@ARGV里面就只剩下一个文件了，对应的$#ARGV为0了。上述单行命令巧妙地利用了这一点，如第一个单行命令，当读入第一个文件muscle时，$#ARGV为0，那么!$#ARGV就为真，因此muscle中的每一条多肽被记录到哈希%h的键中，对应的值都是1；而读入第二个文件skin时，$#ARGV为-1，因此!$#ARGV为假，执行else语句，skin的每条多肽作为键代入哈希%h检验，如果不存在，!$h{$_}为真，打印的相应多肽就是skin里有但muscle里没有的多肽。余此类推。

现在来验证一下。用最简单的Linux命令来统计只见于skin的多肽数目，comm -23 skin muscle | wc -l，结果为644条；只见于muscle的多肽数目，comm -13 skin muscle | wc -l，结果为679条；二者都有的多肽，comm -12 skin muscle | wc -l，结果为465条。wc -l skin.prl muscle.prl both.prl，结果分别为644、679、464条。啥？二者都有的多肽，为啥Perl单行命令的结果比comm命令的结果少了一条。comm -12 skin muscle > both.comm；comm both.prl both.comm发现，Perl的结果中少了一条多肽YWRSGGM。tail skin muscle发现，在skin中YWRSGGM在倒数第二行，有换行符；在muscle中，YWRSGGM在倒数第一行，没有换行符，因此造成了上述问题。一个快捷的解决方案是给muscle最后一行加个换行符。或者如下，更可确保无误:

perl -nE 'chomp; if(!$#ARGV){$h{$_}=1} else{say if $h{$_}}' skin muscle | wc -l