经过一段时间的查找，突然知道如何在shell的情形下调试plone：

./bin/instance debug
Starting debugger (the name "app" is bound to the top-level Zope object)
...
...
>>>
>>> api.portal.get()  # Will not work 
Traceback (most recent call last):
  File "<console>", line 1, in <module>
  File "/path/to/egg/plone.api.egg/plone/api/portal.py", line 82, in get
    'Unable to get the portal object. More info on '
CannotGetPortalError: Unable to get the portal object. More info on http://docs.plone.org/develop/plone.api/docs/api/exceptions.html#plone.api.exc.CannotGetPortalError
>>> plone = app.get('my-plone-site')
>>> plone
<PloneSite at /my-plone-site>
>>> from zope.component.hooks import setSite
>>> setSite(plone)
>>> from plone import api
>>> api.portal.get()
<PloneSite at /my-plone-site>

上面代码收集于stackoverflow，真是有用，跟flask shell 差不多。