reseq数据分析之一：aspera+sra
发现网上ncbi 的aspera安装教程不完整，特此补充。
建议下载sra用aspera，此程序下载速度惊人。可以挤占宽带，基本上有这一个程序，其他的wget就从top界面消失了。
1. 进入linux服务器。
输入：wget http://downloads.asperasoft.com/download/sw/connect/3.1/aspera-connect-3.1.1.70545-linux-64.tar.gz
将会开始下载。
2. 下载完毕后，解压，输入： tar xvf aspera-connect-3.1.1.70545-linux-64.tar.gz
3. 安装输入：sh aspera-connect-3.1.1.70545-linux-64.sh
4. 此时 ls 没发现什么东西，原因是隐藏了，可以cd 到/home/usrname文件夹，ls -a就能看到 .aspera
这就是安装的文件夹。
5. 重要一步，添加环境变量，否则不能用。输入
export PATH=$PATH:/home/username/.aspera/connect/bin
6. 可以按照这个模板去下载了
nohup /home/usrname/.aspera/connect/bin/ascp -i /home/usrname/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR949/SRR949627/SRR949627.sra /home/yhfu/sra & 开头结尾一定要加上 nohup和 &，可以保证你后台下载，下线了 还在下载。
如果不好意思一个人下载，把别人的wget都挤下去了，
可以用wget来下载，其中-c代表断点续传，代码如下：
nohup wget -c ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR949/SRR949627/SRR949627.sra
7. 下面步骤比较重要：
把sra转换成fastq
下载sratoolkit
wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"
解压安装。这个简单不说，
下一步重要，环境变量
export PATH=$PATH:a/b/c/sratoolkit/bin
然后后台运行：
nohup fastq-dump SRR949627.sra 这个将会转换成一个fastq，但是如果Pair end测序的结果要mapping，一般需要分割 用下面命令。
#pair-end
fastq-dump --fasta --split-3 /media/E/GM12878/single/SRR306998.sra
reseq数据分析之二：fastqc
1. fastqc用于查看fastq的质量，可以比较qc前后的结果来确定数据是否适合后续分析。
下载fastqc
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.10.1.zip
2. 解压： unzip fastqc_v0.10.1.zip
3. 给予执行权限，否则执行的时候会显示没有权限
chmod 755 FastQC/fastqc
4. 后台执行，加入参数
格式 nohup fastqc位置 fq文件位置
例如：
nohup /FastQC/fastqc a/b/output_forward_paired.fq
5. 等待执行完毕，打开HTML文件，如果发现没什么红叉叉的警告，说明文件可以后续分析。
如果有红叉叉，说明要进行修剪，去掉adapters等。
去掉adapters。
RESEQ数据分析之三：TRIMMOMATIC去掉接头
用的trimmomatic软件，去除接头。背景知识：什么是接头？哪些接头？http://onetipperday.blogspot.jp/2012/08/three-ways-to-trim-adaptorprimer.html
命令：java -jar trimmomatic-0.32.jar PE -threads 16 SRR949628_1.fastq SRR949628_2.fastq output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
注意 PE是双端测序。
处理完了之后，解压可以output_forward_paired.fq.gz，
用fastqc看看output_forward_paired.fq的质量是否提高，可以看到结果文件里面html。
下一篇：
适应度和选择系数
