1641年,弥尔顿站在革命的清教徒一边,开始参加宗教论战,反对封建王朝的支柱国教。他在一年多的时间里发表了5本有关宗教自由的小册子。最为著名的就是1644年的《论出版自由:论未经英格兰议会许可而出版的自由权演讲》(Areopagitica: A speech of Mr. John Milton for the liberty of unlicensed printing to the Parliament of England)。这是弥尔顿对议会1663年发出的出版许可令的回应,该令规定所有作者的书籍都要经过政府批准才可出版。这个演讲建立在一系列实用性和原则性的辩词上,这些辩词在今时今日已为人熟知。书籍在批准与否的情况下都应予以出版,弥尔顿将出版许可比作“殷勤者为了赶走乌鸦而关上公园大门的举动”。对于英格兰,“一个有着敏锐和创新的精神,而非愚钝的民族”,一个能从糟粕里挑出精华的民族来说,出版许可令是一种羞辱。最著名的一句是,“误杀好人和误禁好书是一样的。杀人只是杀掉了一个理性的动物,毁掉了上帝之像;禁书确是禁掉了理性本身,毁掉的是瞳仁中的上帝圣像。”刚探访完被囚禁在意大利监狱里的伽利略,弥尔顿恳求政府不要用政府暴政重演教会暴政的悲剧:“给我自由,让我依着良心去知晓、去言说、去争辩,这是第一自由。”