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基于变分自编码器的单细胞转录组低维表示与可视化
古槿 2018-12-28 14:31
近年来,单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)的迅速发展使得研究人员能够在单细胞层次上研究生物系统的转录异质性,这种信息通常难以通过传统的组学数据获得。然而,在单细胞层次上,转录组的随机波动会远远大于细胞群体的平均行为,另一方面,单个细胞的RNA总量极低,使得其准确测量极具挑战,因此目前的单细胞测序数据存在很大 ...
个人分类: 科研笔记|2714 次阅读|没有评论
当肿瘤遭遇“信息泄露”
热度 3 古槿 2016-12-23 10:57
“外”如探测浩瀚的宇宙,“内”如揭示人体细胞的奥秘,海量的信息必将改变人类社会、改变人类自己。 人类已经逐步进入信息爆炸的时代,各种个人信息、网络行为、生活习惯,甚至各种所谓的隐私、银行账号密码等“机密”信息均无法避免遭遇各种泄露门、监控门事件。肿瘤这个邪恶的幽灵隐藏在体内,时刻准备攫取资源来扩 ...
个人分类: 科研笔记|4937 次阅读|4 个评论 热度 3
交叉学科生物信息学的三类研究
热度 3 古槿 2016-9-5 09:01
搞交叉学科研究不易,常在传统学科中间受夹板气。一个“学科”界定清楚自己的内涵和外延是非常重要的,今天秋高气爽,步行到地铁站上班的途中,对生物信息学的研究有一点想法,先记下来,日后再加以完善。 第零类 (新增):基础的数据处理方法与理论。这其实是生物信息学最早的定义之一。如经典的序列比对算法,Smit ...
个人分类: 科研笔记|4031 次阅读|3 个评论 热度 3
DNA修复机制是癌症治疗的双刃剑:TCGA临床药物响应分析的启示
热度 4 古槿 2016-5-27 12:15
基因组坏了,修还是不修?这是个问题。 顺铂( cisplatin )是常用化疗药,会进入细胞核与DNA结合,导致基因组损伤,进而引起细胞死亡。DNA修复通路是维持基因组稳定性的重要机制,但这套机制对顺铂引起的基因组损伤也可以进行修复,减少因基因组破坏导致的癌细胞死亡;同时顺铂引起的基因组变化被修复成了 ...
个人分类: 科研笔记|8566 次阅读|7 个评论 热度 4
[转载]The Scientist: 肥胖与癌症 zz
古槿 2015-11-3 10:33
http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/44280/title/Breaking-the-Cancer-Obesity-Link/ 要点如下: 1、流行病学调研表明,肥胖会提升多种癌症(主要是消化道、生殖系统)风险、导致预后差、减低化疗效果; 2、从机制上解释,肥胖会导致多种细胞因子如胰岛素等高表达、代谢异常(所谓的代谢性炎 ...
个人分类: 科研笔记|2019 次阅读|没有评论
数据审编(data curation)——数据到知识的关键一步
热度 2 古槿 2015-4-27 09:17
第八届国际生物审编(biocuration)大会在北京友谊宾馆召开(4月23日-4月26日),周六(4月25日)晚上遗传学会的生物大数据分会成立。近些年,生物医学方面的文献数量飞速增长,文献中研究结果的“可信度”良莠不齐,给基于文献的审编工作带来很大挑战;当然,更大的挑战来自于大规模、高通量组学数据及其生物样本注释数据 ...
个人分类: 科研笔记|8723 次阅读|2 个评论 热度 2
生物信息学、系统生物学与计算生物学相关杂志影响因子
古槿 2014-7-30 07:36
Molecular Systems Biology 14.099 Genome Research 13.852 Genome Biology 10.465 Bioinformatics 4.621 BMC Bioinformatics 2.672 Genomics 2.793 BMC Genomics 4.041 Molecular BioSystems 3.183 BMC Systems Biology 2.853 Nucleic Acids Research 8.808 PLoS Computational Biology 4.829 PLoS ONE ...
个人分类: 科研笔记|3530 次阅读|没有评论
miRNA数据库资源(动态更新)
古槿 2014-5-6 08:17
miRBase http://mirbase.org/ miRNA标准数据库,标准序列、命名 TargetScan http://www.targetscan.org/ miRNA计算预测靶基因数据库,主要考虑3'-UTR与miRNA的seed区域互补的保守性,也考虑context信息 miRTarBase http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/ 实 ...
个人分类: 科研笔记|2813 次阅读|没有评论

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