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miRNA数据库资源(动态更新)

已有 3568 次阅读 2014-5-6 08:17 |个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记| 数据库, miRNA

>>> miRBase http://mirbase.org/ miRNA标准数据库,标准序列、命名

>>> TargetScan http://www.targetscan.org/ miRNA计算预测靶基因数据库,主要考虑3'-UTR与miRNA的seed区域互补的保守性,也考虑context信息

>>> miRTarBase http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/ 实验验证的miRNA靶基因信息

>>> miR2Disease http://www.mir2disease.org/ 疾病miRNA数据库,2011年后未更新

>>> HMDD http://202.38.126.151/hmdd/tools/hmdd2.html 疾病miRNA数据库,最近刚发布2.0版本

>>> oncomiRDB http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/oncomirdb oncomiR数据库,从文献提取有直接实验证据

>>> PhenomiR http://mips.helmholtz-muenchen.de/phenomir/ miRNA在肿瘤中的差异表达信息

>>> miRNACancer http://mircancer.ecu.edu/ miRNA在肿瘤中的表达信息,利用文献挖掘工具自动提取

>>> somamiR http://compbio.uthsc.edu/SomamiR/ miRNA在肿瘤中的突变信息

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