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热搜: 科学 论文
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分享 2017年杂志SCI影响因子EXCEL/PDF版下载(2018年6月26日公布)
陈泽庸 2018-6-28 10:05
2018年6月26日刚刚发布了2017年杂志影响因子(SCI impact factor), 该影响因子反映的是2015和2016年该杂志上发表文章的引用情况。下载链接: 最新版SCI影响因子下载
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分享 [转载]PDB数据格式详解
陈泽庸 2018-4-24 17:24
PDB(Protein Data Bank)是一种标准文件格式, 其中包含原子的坐标等信息, 提交给 Protein Data Bank at the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) 的结构都使用这种标准格式. 这里整理网上已有的一些资料, 对PDB格式做个简短介绍. 对大多数用户而言, 了解这些内容就够了, 但对那些需要创建PDB文件 ...
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分享 Pymol获得蛋白中二级结构信息
陈泽庸 2018-4-18 16:42
open(d:/secondary.txt,w).writelines( ) 其中protein-name需要替换成序列名称,结果会保存到d:/secondary.txt
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分享 微卫星不稳定性MSI/MMR(错配修复)
陈泽庸 2018-3-7 10:19
MSI/MMR检测可用于有效地评估PD-1单抗免疫治疗在癌细胞治疗中的效益。 MSI(Microsatellite instability,微卫星不稳定性),是指由于在DNA复制时插入或缺失突变引起的微卫星序列长度改变的现象,常由错配修复(MMR)功能缺陷引起。MSI现象于1993年被Jacobs等人在结直肠癌中首次发现,与癌症发生有关,可用于癌症检测。 微 ...
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分享 Pymol中两个残基距离太近导致显示在一起的问题
陈泽庸 2018-2-23 12:58
今天有客户反映说他做完分子对接后,用Pymol打开,发现两个没有共价键形成的残基之间以共价键连接了在一起。收到客户发过来的文件后,用Disconvery Studio Viusalizer打开后,这两个残基确实没有形成共价键。 那么肯定就是Pymol的问题了。搜索一番后找到了解决问题的方法,解决方法如下: PyMOL sometimes displays bond ...
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分享 AutoDock实例教程
热度 2 陈泽庸 2017-12-16 18:26
本文讲述大分子受体与小分子配体的分子对接过程。只是记录一遍流程,该扩展的地方如果有空再写文详述。 1. 软件安装及工作目录创建 下载安装包 MGLTools1.5.6 (当前版本, 2017 年 12 月 16 日),按照提示安装即可。注意安装的时候地址中不要含有中文,以免不可知的问题。安装好之后,在安装目录下找到 adt. ...
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分享 史上最全癌症靶向药(2016精华收藏版)
热度 2 陈泽庸 2016-8-26 14:52
在最近过去一年的时间里, FDA 陆续批准了 9 个癌症靶向新药,此外还批准了 4 个抗癌药物新增适应症。然而,在这些癌症靶向药物当中,仅有 25.4% 在中国上市。 令人欣慰的是,有些患者已经到美国就诊并使用到了一些新药,为战胜癌症增加了筹码。更加可喜的是,目前很多新药的临床试验正在国内开展,例如免疫疗法药物 P ...
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分享 一种无缝克隆方法——Gibson 组装
陈泽庸 2016-7-22 17:27
过去的十多年间,科学家们发明了很多种构建克隆的方法。这些方法相较于最经典的限制性内切酶克隆方法而言,各有优缺点。 传统的限制性内切酶克隆技术,会在两个片段的结合位置上形成一道“疤”或“缝”,这种瑕疵可能会对 DNA 片段的行为产生微妙的影响。这一点特别令合成生物学家头疼,因为他们常常要将启动子和终止 ...
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分享 [转载]教你如何提高重组蛋白的表达量
热度 1 陈泽庸 2016-7-20 20:41
相信如何提高目的重组蛋白的诱导表达量是很多同学在研究中都会遇到的问题。记得小编在读书的时候就经常在研究这个问题,泡了无数论坛,看了无数帖子,尝试过IPTG的诱导浓度、培养基成分、诱导温度、诱导时间,甚至让别的公司帮忙做密码子优化(将目的片段通过全基因合成的方式合成出来)。总的来说,提高IPTG浓度是可以提 ...
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分享 质粒载体与转录终止子和polyA
陈泽庸 2016-7-20 17:07
用于基因表达的质粒载体根据载体上的功能元件,可以划分为两类:原核的和真核的。无论是原核系统还是真核系统,质粒 DNA 都必须转录成 RNA ,这个过程可以划分为三步: 1. 起始, 2. 延伸, 3. 终止。本文我们主要讨论转录的终止。 什么是转录终止和聚腺苷酸化? 转录终止子(序列决定)界定了一个转录单元的结束( ...
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