Pubmedy

陈泽庸 2020-8-6 12:58

重新写了Pubmedy，之前的Pubmedy被删过很多次，再加上pubmed大改版，导致Pubmedy无法使用。 使用方法： 安装Tampermonkey插件 访问https://greasyfork.org/zh-CN，根据使用的浏览器安装相应的Tampermonkey插件。这也就意味着改版后的pubmedy可以支持所有主流浏览器了。 安装Pubmedy 安装完Tampermonkey插件后 ...

16903 次阅读|没有评论

蛋白晶体对称性及65种空间群

陈泽庸 2019-12-16 12:31

晶体的对称操作可以分为宏观和微观两类，宏观对称元素是反映晶体外形和其宏观性质的对称性，而微观对称元素与宏观对称元素配合运用就能反映出晶体中原子排列的对称性。 其中宏观对称元素包括：对称中心（点），对称轴（线），对称面（面）及对称中心与旋转－反演轴。 一、天然生物大分子晶体的五种宏观基本对称元素 ...

10416 次阅读|没有评论

Ubuntu系统下安装Rosetta的过程

陈泽庸 2019-12-13 17:41

记录下Ubuntu TLS 18.04中安装Rosetta的过程 最新的Rosetta安装依赖OPENMPI、BOOST、Python2.7 1. 安装BOOSTPython2.7.15 sudoapt-getinstalllibboost-dev sudoapt-getinstallpython 2. 编译器的选择 最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性； 如果系统中没有C++编译器 ...

6604 次阅读|没有评论

2017年杂志SCI影响因子EXCEL/PDF版下载(2018年6月26日公布)

陈泽庸 2018-6-28 10:05

2018年6月26日刚刚发布了2017年杂志影响因子(SCI impact factor)， 该影响因子反映的是2015和2016年该杂志上发表文章的引用情况。下载链接： 最新版SCI影响因子下载

10369 次阅读|没有评论

Pymol获得蛋白中二级结构信息

陈泽庸 2018-4-18 16:42

open(d:/secondary.txt,w).writelines( ) 其中protein-name需要替换成序列名称，结果会保存到d:/secondary.txt

6405 次阅读|没有评论

微卫星不稳定性MSI/MMR（错配修复）

陈泽庸 2018-3-7 10:19

MSI/MMR检测可用于有效地评估PD-1单抗免疫治疗在癌细胞治疗中的效益。 MSI（Microsatellite instability，微卫星不稳定性），是指由于在DNA复制时插入或缺失突变引起的微卫星序列长度改变的现象，常由错配修复(MMR)功能缺陷引起。MSI现象于1993年被Jacobs等人在结直肠癌中首次发现，与癌症发生有关，可用于癌症检测。 微 ...

13733 次阅读|没有评论

Pymol中两个残基距离太近导致显示在一起的问题

陈泽庸 2018-2-23 12:58

今天有客户反映说他做完分子对接后，用Pymol打开，发现两个没有共价键形成的残基之间以共价键连接了在一起。收到客户发过来的文件后，用Disconvery Studio Viusalizer打开后，这两个残基确实没有形成共价键。 那么肯定就是Pymol的问题了。搜索一番后找到了解决问题的方法，解决方法如下： PyMOL sometimes displays bond ...

5672 次阅读|没有评论

AutoDock实例教程

热度 2 陈泽庸 2017-12-16 18:26

本文讲述大分子受体与小分子配体的分子对接过程。只是记录一遍流程，该扩展的地方如果有空再写文详述。 1. 软件安装及工作目录创建 下载安装包 MGLTools1.5.6 （当前版本， 2017 年 12 月 16 日），按照提示安装即可。注意安装的时候地址中不要含有中文，以免不可知的问题。安装好之后，在安装目录下找到 adt. ...

51085 次阅读|5 个评论 热度 2

史上最全癌症靶向药（2016精华收藏版）

热度 2 陈泽庸 2016-8-26 14:52

在最近过去一年的时间里， FDA 陆续批准了 9 个癌症靶向新药，此外还批准了 4 个抗癌药物新增适应症。然而，在这些癌症靶向药物当中，仅有 25.4% 在中国上市。 令人欣慰的是，有些患者已经到美国就诊并使用到了一些新药，为战胜癌症增加了筹码。更加可喜的是，目前很多新药的临床试验正在国内开展，例如免疫疗法药物 P ...

60686 次阅读|3 个评论 热度 2

本页有 1 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏