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Ubuntu系统下安装Rosetta的过程

已有 587 次阅读 2019-12-13 17:41 |系统分类:科研笔记

记录下Ubuntu TLS 18.04中安装Rosetta的过程

最新的Rosetta安装依赖OPENMPI、BOOST、Python2.7

1. 安装BOOST&Python2.7.15

sudo apt-get install libboost-dev
sudo apt-get install python

2. 编译器的选择

最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性;

如果系统中没有C++编译器,那么需要安装一个;这里以GCC为例:

sudo apt install build-essential

3. OPENMPI的安装

sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-doc libopenmpi-dev

4.Rosetta的编译与安装

环境bash变量配置:

# 打开bashrc文件

vi ~/.bashrc

# 添加以下内容

#Rosetta

export ROSETTA=/home/czy/bin/Rosetta  #改成你的Rosetta目录
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH

保存后,编译MPI模式版本的Rosetta, 此处以调用15个核编译为例:

cd $ROSETTA/main/source/

# 使用gcc编译:

./scons.py -j 15 mode=release bin extras=mpi #gcc

5. 测试

运行       

./scons.py -j 15 mode=debug

,如果没有问题

再运行:

./scons.py -j 15 cat=test mode=release

测试:

python test/run.py -j 15 --mode=release




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