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韩春雨 NgAgo 无 PAM 优势或被证明
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在《韩春雨 NgAgo 精确定位功能被验证-- 剑未出鞘剑气逼人》一文中，我对最近南通大学、复旦大学若干分子生物学家对韩氏 NgAgo 用于斑马鱼的结果进行了总结，认为该研究确认了 NgAgo + gDNA 的基因定位功能。
今天我在回应吴炬博士的猜想时，又查看了该通讯的补充数据，突然发现这个研究还证实了 NgAgo 相对 CRISPR-Cas9 的另一个优势，那就是 NgAgo 不需要 PAM 就能定位。缩写字玄乎，读者如果不知道什么是PAM，可以查阅我之前的科普 《CRISPR 基因编辑技术及张锋的贡献》。简单的说，在 CRISPR-Cas9 系统中，Cas9 不能在随意的地点开始进行匹配，必须 Cas9 先匹配上几个字符，然后才能匹配目标字符串。这几个字符取决于 Cas9 蛋白的类型。以常用的 SpCas9 为例，其PAM为 NGG. 其中N表示任意字符。因此如果用 SpCas9 ，可以定位的基因点只能在 NGG 这样的字符串旁边。否则，即使 gRNA 跟基因某处字符串全部对上，但旁边的字符串不是 NGG，系统就不工作了。我们可以说，Cas9 蛋白有个固有的限制。这就某种程度上影响了 CRISPR-Cas9 系统的灵活性。
而韩春雨的 NgAgo 系统没有这个PAM 的限制。对正方向DNA链，CRISPR-Cas9 只能打ＰＡＭ 上游（5'端）的目标，NgAgo 是指哪打哪。
注意看， gRNA1 是在CGG前， gRNA2 是在 AGG前 (forward 5' to 3')。这是 SpCas9 的PAM限制的结果。当然了，从上面看GG出现很多，所以PAM的限制也不是那么严重。
再看文中 NgAgo 的 gDNA:
根据上图，使用 NgAgo , 导引 gDNA 可以连续滑动延展，看不出有任何限制。
NgAgo + gDNA 的精确定位功能，我再引用文章中的数据说明一下。针对 斑马鱼的尾巴，下面这个导引可以
5’-CGAGTACATTGCATTAGGGTCGAG-3’
但这个就不行了：
5’-CGAGTACATAACATTAATTTCGAG-3’
两者前面9个字符（CGAGTACAT）与后面5个五个字符(TCGAG) 相同，中间的CATTA 也相同。
韩春雨事件
https://blog.sciencenet.cn/blog-684007-1014872.html
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