1996-2000年，Potrykus小组研发第一代黄金大米总共花了108万美元，其中60万来自洛克菲勒基金会，24万来自瑞士联邦政府，24万来自欧盟。

2005年，第一代黄金大米发明人之一Beyer获得比尔-美莲达盖茨基金会1130万美元资助，项目名称是Engineering Rice for High Beta-Carotene,Vitamin E and Enhanced Iron and Zinc Bioavailability，旨在通过基因工程手段提高黄金稻米中维生素A原、维生素E、铁、锌的含量水平及生物利用度。

2009年，英国政府资助先正达第二代黄金大米项目金额为800万英镑，捷利康（即现在的先正达）为英国剑桥种子站研发第二代黄金大米也投入资金，但数额不详。另外，美国国际发展局（USAID）、HarvestPlus等机构为黄金大米在亚洲地区的试种和推广投入的巨额经费无从查考。

2011年，比尔-美莲达盖茨基金会资助国际水稻研究所（IRRI）1030万美元，用于黄金水稻的进一步研发、推广和应用。先期目标是2013年在菲律宾推广种植，2015年在孟加拉国推广种植。研究人员还试图通过常规杂交手段改进黄金大米，使它更适合亚洲人的口味。