今天需要在ubuntu服务器下安装一些GATK依赖的R包

直接在R里输入不work

> install.packages("gsalib")

看其他人的博客说要：

"""

从该网站下载gsalib：https://github.com/broadgsa/gatk

解压缩后，进入build.xml文件所在的目录，输入命令ant gsalib。这样就可以安装gsalib 了。如果该gsalib仍然无法load，可能需要将gsllib的path告诉R。

http://gatkforums.broadinstitute.org/discussion/1244/what-is-a-gatkreport

这里有较详细的步骤。（奇怪的是我没有~/.Rprofle文件，ant完后也没有add path，仍然work了）

此外，gaslib安装要求java的版本为1.6。

"""

我是没找到build.xml在哪里。不过不管如何，先把ant包装了。

直接 apt-get install ant 会出来一堆java依赖包，还有ant和ant-optional

apt-get装不上，干脆手工下载一个个装

然后找ant包。ant包不是Apache的Ant，为免找错，可以先Google “ubuntu ant-optional”这个包，再顺带找出相应的ant包，然后：

dpkg -i xxx.deb

安装成功后，再次进入R

> install.packages("gsalib")

测试

> library(gsalib)

成功！