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Bicomb软件处理pubmed的xml格式中出现问题的临时解决办法
热度 3 崔雷 2018-4-2 10:44
最近发现,提取pubmed2016年以后的记录过程中出错,如下图: 经过反复调查,发现是因为下载的文献中,标题内容中存在sup或sub或i字符,导致提取意外终止。包括: b (bold) i (italic) sup (superscript) su ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|7710 次阅读|4 个评论 热度 3
bicomb2的新网址
热度 3 崔雷 2017-8-23 15:37
由于学校网站整理,bicomb2的下载网址改为: 202.118.40.8/bc 带来不便请谅解。
个人分类: 生物医学文献计量学|16958 次阅读|5 个评论 热度 3
通过web的生物医学文本处理工具:Whatizit
崔雷 2016-7-20 13:24
动机:文本挖掘方法已经进入到为生物医学研究者提供有效服务的阶段。这些方法需要解决的首要问题是资源(比如受控词表 ) ,要处理的文献(比如在PubMed中已经有一千七 百万的文献),以及用户的需求(抽取事实的种方法 )等在 数量和体量的增长。这些需求刺激作者开发一个基于服务器的文献分析方法。Whatizit就是 ...
个人分类: 生物信息学|4849 次阅读|没有评论
利用共同邻居推理网络几何机构(译文)
崔雷 2015-11-25 13:36
Network Geometry Inference using Common Neighbors 我们介绍和探索根据两节点共同拥有的邻居的数量来推断复杂网络节点潜在几何坐标的新方法。我们将该方法与HyperMap方法进行了比较,后者只是基于节点之间连接(及无连接),即根据节点间有链接(或没有)。我们发现对于高度数的节点利用共有邻居(common-neighbors) ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|5151 次阅读|没有评论
生物学网络教程(译文)
崔雷 2015-11-25 12:36
Tutorial on biological networks WIREs Data Mining Knowl Discov 2012, 2: 298–325 doi: 10.1002/widm.1061 了解生物系统各组成部分如何通过相互作用发挥功能是网络科学的长期目标。受高通量技术发展的鼓舞,网络科学已经成为计算生物学和系统生物学研究中的快速发展的领域,因为高通量技术可以发现生物 ...
个人分类: 生物医学文本挖掘|4003 次阅读|没有评论
转化生物信息学
崔雷 2015-9-21 11:11
转化生物信息学是一个新兴领域,其目标是开发新的计算技术以促进传统的转化研究,手段是汇聚分子生物信息学、生物统计学、统计遗传学、和临床信息学。转化生物信息学比以前更加有力,并成为生物学发现与临床信息学之间的紧密衔接点。计算技术通过把构成用药、疾病、基因组的多维数据与临床和病理特征集成到一起发挥作用, ...
个人分类: 生物信息学|6137 次阅读|没有评论
译文:网络重新布局是基因重要性改变的重要机制
崔雷 2015-1-28 13:40
Network rewiring is an important mechanism of gene essentiality change 网络重新布局是基因重要性改变的重要机制 基因重要性 改变对于生物进化十分重要。但是同源物种之间重要性如何变化却是不清楚的。我们根据网络演变的框架和基因组比较分析,研究酵母菌和小鼠 基因重要性 变化的 ...
个人分类: 生物信息学|4043 次阅读|没有评论
译文:一种针对代谢网络中的涌现特性的数学方法:局部耦合,超弧
崔雷 2015-1-28 11:18
A mathematical approach to emergent properties of metabolic networks:Partial coupling relations,hyperarcs and fl ux ratios 一种针对代谢网络中的涌现特性的数学方法:局部耦合,超弧和流量参数。 系统生物学中的涌现特性只有在达到一定的复杂程度的时候才能产生。本研究介绍 ...
个人分类: 生物信息学|4219 次阅读|没有评论
书目共现聚类分析的视频
热度 9 崔雷 2014-9-24 10:20
见笑了啊!一次医学继续教育的视频。 书目数据共现分析(1) 概述 书目数据共现分析(2) 下载 书目数据共现分析(3) 抽取 书目数据共现分析(4) 聚类 书目数据共现分析(5) 结果分析
个人分类: 文献计量学|13249 次阅读|16 个评论 热度 9
且读且议论(5):矩阵!矩阵!!矩阵!!!
热度 4 崔雷 2014-7-1 10:13
Loet Leydesdorff和Liwen Vaughan 于2006年发表于 Journal of the American Society for Information Science and Technology (JASIST)上的一篇文章,题目是Co-occurrence Matrices and their Applications in Information Science: Extending ACA to the Web Environment。 我觉得这是很多对共现分析感兴趣的人必须 ...
个人分类: 文献计量学|18674 次阅读|9 个评论 热度 4

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