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生物信息| 非编码RNA| 其他| 软件| 网站| python| 每日文章导读|

CFEA：游离DNA表观遗传修饰(5mC、5hmC、核小体定位）数据库: 陈明杰 2019-8-31 17:06; cfDNA是疾病液体活检的一种强大工具，而cfDNA的表观遗传修饰对于疾病检测和分类也是至关重要的。作者使用公共数据库数据，开发了标准化质控、分析流程，并构建了一个网络服务器，以在基因组规模上查询、可视化5mC、5hmC和核小体定位信息。使用该数据库，用户能够： 1，浏览来自血浆或血清的cfDNA的表观遗传信息 2， ...; 个人分类: 网站|4213 次阅读|没有评论

RNA-seq测序中intronic reads占比较多的原因？: 陈明杰 2019-8-23 07:17; 使用 ReSeQC 做RNA-seq reads distribution时，会发现intronic占比比较多，大概30-40%，原因如下： 1，由于转录是个动态过程，期间会存在incompleted (nancant, on-going, co-transcripted,unspliced ...) spliced RNA，并且由于intron的长度一般是exon的20倍左右，所以即使有1%的incompleted spliced RNA，也会对这个分 ...; 个人分类: 生物信息|3816 次阅读|没有评论

MaxQuant处理质谱原始数据记录: 陈明杰 2019-8-22 09:08; https://www.maxquant.org/ Win10 空间：10G以上耗时：根据原始文件大小，约sample/4h，可以使用多核加速运行 1，载入数据，注意设置每个样品的Experiment，样品名 2，载入蛋白质fasta文件注意把Label free quantification标签中的LFQ导出选中 3，运行漫长等待后，结果文件见combined/tx ...; 个人分类: 生物信息|8477 次阅读|没有评论

[转载]PACES：预测mRNA中的N4-乙酰胞嘧啶（ac4C）修饰位点: 陈明杰 2019-8-19 10:43; N4-乙酰胞嘧啶（ac4C）是一种高度保守的RNA修饰，并且是mRNA中第一个描述的乙酰化事件。已经证明mRNA中的ac4C参与mRNA稳定性调控，加工和翻译，但是仍然不清楚ac4C起作用的确切方式。此外，ac4C以生理学上相关的水平广泛分布于人类转录组中，并且迄今为止，实验仅检测了一小部分修饰序列。本研究中，我们开发了一个人类mR ...; 个人分类: 网站|4035 次阅读|没有评论

[转载]METTL1通过m7G甲基化促进let-7 miRNA加工: 陈明杰 2019-8-18 17:02; 1，两种测序方法（BoRed-seq和MeRIP-seq）都鉴定了miRNA中的m7G修饰 2，甲基转移酶METTL1介导miRNA的m7G修饰 3， METTL1促进miRNA成熟并抑制肺癌细胞迁移 4，m7G通过拮抗miRNA前体中的G-四联体结构促进miRNA加工参考： METTL1 Promotes let-7 MicroRNA Processing via m7G Methylation; 个人分类: 其他|3850 次阅读|没有评论

[转载]MM-6mAPred：基于马尔科夫模型识别DNA 6mA位点: 陈明杰 2019-7-30 17:13; 定义：DNA上的6mA位点，已经发现6mA与胚胎发育、应激反应等密切相关。 bioinformatics上新发表的使用马尔科夫模型预测DNA 6mA位点的网络服务器输入为fasta格式序列输出为excel表格，告诉你是否发生6mA，ratio越大越可靠。物种目前仅限于rice。参考： MM-6mAPred: Identifying DNA N6-methylad ...; 个人分类: 网站|2725 次阅读|没有评论

[转载]2019年影响因子下载: 陈明杰 2019-6-23 13:52; 2019年影响因子.xlsx 网上找到的，中文PubMed正在全面更新本站的影响因子，欢迎访问！ http://www.chinapubmed.net 3000多万篇中英文双语生物，医学文献检索平台。旨在翻译、分享生命科学、医学、药学等最新科技论文，提供文献检索，免费下载全文，文章评论等服务，打造中文PubMed文献数据库！; 个人分类: 网站|3174 次阅读|没有评论

[转载]解决: g++: internal compiler error: Killed (program cc1): 陈明杰 2019-6-16 19:38; 错误现象： cc:Internalerror:Killed(programcc1) ... 大体上是因为内存不足,临时使用交换分区来解决吧 sudoddif=/dev/zeroof=/swapfilebs=64Mcount=16sudomkswap/swapfilesudoswapon/swapfile 编译完成，可以取消交换分区： ...; 个人分类: 软件|4012 次阅读|没有评论

[转载]R2G2 -- 在谷歌地球中进行数据定量可视化: 陈明杰 2019-6-5 17:59; 将数据展示在谷歌地球上。例如：A，温度；B，进化树；C，物种多样性。下载： https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/R2G2/ 参考： Quantitative visualization of biological data in Google Earth using R2G2, an R CRAN package; 个人分类: 软件|2197 次阅读|没有评论

FastQ Screen -- 调查fastq测序数据是否污染: 陈明杰 2019-6-5 17:56; 高通量测序有时会有样品污染，如何判断是什么污染呢？最简单的做法是把常见的基因组建个索引，然后逐个比对，哪个比对最高，就是哪个污染。有个软件叫FastQ Screen，替你完成这个工作。当需要确认来源基因组时，需要针对多个基因组进行比对。针对多个基因组进行比对对检测污染或鉴定样品互换也是有用的 ...; 个人分类: 软件|5493 次阅读|没有评论

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