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- [转载]featureCounts -- 一个分配测序片段到基因组特征的高效程序（数基因中的reads数）
- 下一代测序技术产生数百万的短测序片段，它们通常比对到参考基因组上。在许多应用中，下游分析需要的关键信息是比对到每个基因组特征，例如到每个外显子或每个基因上的片段数。计算片段的过程叫做片段汇总。片段汇总对于各种基因组分析都是需要的，但是目前为止在文献中获得了相对少的关注。 featureCounts是一个适合 ...
- AMAP -- 一个拟南芥全基因组突变检测流程
- 现在可以使用高通量测序在全基因组水平上检测突变。然而，由于假阳性，确定突变是一个耗时的过程。 AMAP（automated mutation analysis pipeline，自动突变分析流程）克服了这个问题。它整合了一套验证的程序进行比对（BWA），去潜在PCR重复（Picard），重比对（GATK）和突变检测（SAMtools、GATK、Pindel、BreakDancer ...
- [转载]chromedriver与chrome版本映射表
- 看到网上基本没有最新的chromedriver与chrome的对应关系表，便兴起整理了一份如下，希望对大家有用： chromedriver版本 支持的Chrome版本 v2.46 v71-73 v2.45 v70-72 v2.44 v69-71 v2.43 v69-71 v2.42 v68-70 v2.41 v67-69 v2.40 v66-68 v2.39 v66-68 v2.38 v65-67 v2.37 v64-66 v2. ...
- 批量gzip，ungzip快速压缩和解压fastq文件
- 二代测序fastq文件太大，解压，压缩很浪费时间。 常规： 使用gzip gunzip单线程压缩 进阶1： python调用threading，多线程压缩，相当于开了N个窗口进行解压和压缩，略。 进阶2： 使用pigz，unpigz调用多核cpu压缩和解压。 实测： importos importtime a=time.time() #os.system( ...
- [转载]python中文汉字转拼音
- 将汉字转为拼音。可以用于汉字注音、排序、检索( Russian translation ) 。 基于 hotoo/pinyin 开发。 Documentation: http://pypinyin.rtfd.io/ GitHub: https://github.com/mozillazg/python-pinyin License: MIT license PyPI: https://pypi.org/project/pypinyin ...
- [转载]Linnorm：改进的单细胞RNA-seq表达数据统计分析
- Linnorm是用于单细胞RNA测序（single cell RNA sequencing，scRNA-seq）数据分析的一个新的标准化和变换方法。Linnorm被开发以去除技术噪音，并同时保留scRNA-seq数据中的生物学变异，这样能够改进现有统计方法。 显示Linnorm在速度、技术噪音去除和细胞异质性保留中有优势，在新亚型发现，细胞伪时间顺序，聚类分析等 ...
- 使用rMATS分析alternative splicing，并使用rmats2sashimiplot绘图
- 程序检测的5种AS事件：SE, A5SS, A3SS, MXE, RI 安装： pip install numpy yum install lapack-devel blas-devel yum install gsl-devel.x86_64 yum install gcc-gfortran python 版的rMATS即可 使用： nohup python rmats.py --b1 b1.txt --b2 b2.txt --gtf human.gtf --od AS -t paired ...
- [转载]runBNG -- 一个命令行BioNano基因组分析软件包
- runBNG将BioNano基因组分析工具包装为单个脚本，能够在命令行运行。 runBNG能够完成包括单分子图谱的质控，光学图谱从头装配，不同光学图谱间的比较，超-重叠群和结构变异检测。与现有软件BioNano IrysView和KSU脚本比较，runBNG的主要优点是整个流程运行在单一平台，并且是高度可定制的。 下载：https://gi ...
- 省钱了，以后chip-seq不用做control了！用机器学习替代ChIP-seq中的control
- ChIP-seq是鉴定转录因子结合的一种常用技术，但存在背景信号，传统做法是用一个对照（control）数据集进行校正，去掉背景信号，但是对照也存在“bias”：一套对照可能会miss潜在的bias来源。白话就是：一个对照在A基因处ok，在B基因处也ok吗？ 利用公共数据库中的大量control数据集，机器学习发挥了其优点，可以这些公 ...
- [转载]MWASTools -- 一个全代谢组关联研究R/Bioconductor包
- MWASTools是一个整合分析大规模流行病学研究中代谢组数据的R包。 关键功能包括：质控分析；使用各种模型（部分相关，广义线性模型）进行全代谢组关联分析；统计结果可视化；使用统计全相关谱（statistical total correlation spectroscopy (STOCSY）进行代谢物分配；和全代谢组关联研究（metabolome-wide association ...
