生物信息学历史上有两个里程碑式的序列比对算法，一个用于两条序列的全局比对——Needleman-Wunsch算法，一个用于两条序列的局部比对——Smith-Waterman。这两种算法目前还有广泛的应用。

EMBOSS软件包中有两个程序分别应用了这两种算法，一个名为needle做序列全局比对，一个名为water，做序列局部比对。两个程序都需要输入两个文件，包含一条序列的asequence和包含多条序列的bsequence，利用asequence中的一条序列分别比对bsequence中的所有序列。

而如果要多对多地做序列全局比对，就需要利用另外一个程序，名字为needleall。但是，如果要多对多地做序列局部比对，却没有一个程序叫做waterall。真是奇怪啊！而且，为什么一对多和多对多两种模式要分开呢，一个程序不可以解决吗？

EMBOSS知名度很高，似乎属于生物信息学“装机必备”，有一点令人挺不理解的，就是它编译好的可执行程序有262个之多！前面说的needle, needleall, water就是其中之三，为什么不弄一个整合的程序叫做emboss呢？^_^

参考资料：

https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman–Wunsch_algorithm

https://en.wikipedia.org/wiki/Smith–Waterman_algorithm

http://emboss.sourceforge.net