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rosetta| tools| molecular dynamics| monte carlo| null|
在ipython中使用openbabel
刘源 2016-5-3 19:35
上次提到openbabel的python插件很好用，这里举个例子。 openbabel默认显示图片是用一个弹出的窗口，这里稍加修改，让图像内嵌在ipython文档中。 修改 path_of_pylib/python2.7/site-packages/pybel.py, 约670附近，＃是原代码，后面四行是修改的 ...
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处理小分子，他们是认真的
刘源 2016-5-2 11:29
分子模拟领域，小分子构象搜索和力场构建一直是比较麻烦的问题，有一些商业软件比如OpenEye、Material Studio，我们穷，都没用过，这里介绍一些常用的学术免费的方案。 PRODRG http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg GMX力场常用server，缺点是电荷分配和原子类型有时候有问题。 Avogadro ...
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histcite使用的一些更新
刘源 2016-1-31 18:06
histcite最初从科大罗昭锋老师blog了解到，可以由web of science（WOS）上下载的数据绘制引用关系图。 感觉对快速把握一个领域的核心文章很有帮助，源链接见这里 http://blog.sciencenet.cn/blog-304685-383399.html 官方给了一个免费的版本： http://science.thomsonreuters.com/scientific/m/His ...
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