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GROMACS中文手册第2章：定义与单位
李继存 2014-12-23 04:52
第二章　　定义与单位 2.1　符号标记 对数学符号，在整个文档中都将遵循以下约定$:$ 含义 标注 示例 矢量 粗斜体 r i 矢量长度 斜体 r i 我们用 小写 下标 i , j , k , l 标识粒子： r ...
个人分类: 我的工具箱|9114 次阅读|没有评论
GROMACS中文手册第1章
李继存 2014-12-20 02:41
第一章　　简介 1.1　计算化学与分子建模 GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。分子动力学模拟和能量最小化是计算化学和分子建模领域众多技术中的两种。 计算化学 是计算技术在化学中应用，涉及范围从分子的量子力学到复杂大分子聚集体的动力学。 分子建模 是用实际的原子模型描述复杂化学体系 ...
个人分类: 我的工具箱|18666 次阅读|没有评论
动态网页数据的简单获取方法
李继存 2014-12-17 11:39
2014-12-16 21:31:17 网页数据的获取分为两步 获取网页文件 分析文件, 获取数据 HTML静态网页数据的获取很简单, 直接对HTML文件进行分析即可. 利用Ajax等技术动态加载生成的网页数据获取起来就麻烦些, 通用的方法很复杂. 但对于简单的需求, 也可以有简单的方法. Ajax动态加载数据时, 也必须利用http请求获知数据( ...
个人分类: 我的工具箱|6243 次阅读|没有评论
八面体与截角八面体团簇的构建及代码实现
热度 2 李继存 2014-12-16 07:51
2013-08-16 13:53:46 初稿2014-12-15 17:17:19 修正代码bug, 增加网络版工具 八面体和截角八面体构型在纳米金属团簇的结构中比较常见, 在展示或计算时我们都需要构建这些结构$.$ 原理：正方体切除6顶点得正八面体, 正八面体切除6顶点得截角八面体 具体方法：长度以原子个数计, 以简单立方晶胞为例, 面心立方、体心立方晶 ...
个人分类: 我的工具箱|8716 次阅读|4 个评论 热度 2
物理化学中的标准态符号
热度 1 李继存 2014-12-12 12:32
2014-12-11 22:21:13 物理化学中表示标准态的符号并不统一, 在维基百科 标准状态 条目中对此有介绍, 也讲到常用的几种表示方法$.$ 直接用小写字母o或数字 0 表示, 像这样: p 0 , p o 网页中可以使用 psupso/s 表示, 像这样: p o 用u ...
个人分类: 我的工具箱|15637 次阅读|2 个评论 热度 1
从光谱到颜色
热度 1 李继存 2014-12-9 01:09
2014-12-08 11:02:23 颜色是一种很奇妙的东西, 通常看到的颜色受多种条件影响, 计算机显示的颜色也是一样. 相关的学科是色度学, 其中的关键是确定颜色匹配函数和定义颜色空间, 有了这两种东西就可以定量地描述颜色了. 国际照明委员会简称CIE(为其法文缩写)制定了颜色匹配函数(或称标准色度观察者), 开始时直接使用了基于红 ...
个人分类: 数学轮子|8419 次阅读|4 个评论 热度 1
Linux服务器映射为本地硬盘
李继存 2014-12-8 06:25
2014-12-07 16:18:14 最近看到王喜军的一篇博文 mobaXterm + SFTP Net Drive: windows下与Linux的无缝对接 , 谈到两个可以将远程的Linux服务器映射为Windows本地硬盘的软件, Swish和SFTP-NetDrive. 这种作法我以前也是知道的, 却一直没有去尝试过, 只使用着Filezilla, 觉得也还算方便. 现在既然有人又提起来, 我也就顺便去 ...
个人分类: 我的工具箱|7689 次阅读|没有评论
数据展示：请选择好的颜色映射方案
李继存 2014-11-21 02:20
在数据可视化时, 人们常常使用颜色映射图, 就是将一定范围内的数据跟一定范围内的颜色对应起来, 不同的颜色表示数据的不同大小. 这样的图在展示的时候很直观, 很清晰, 也很吸引眼球, 所以在科技论文中常常可以看到. 很多人在做颜色映射图时, 没有特别留意选用什么样的颜色范围, 颜色和数据之间以什么方式对应. 大多数人直 ...
个人分类: 数学轮子|6054 次阅读|没有评论
Hamaker方程
热度 1 李继存 2014-11-21 02:18
若粒子之间的van der Waals吸引势与距离的6次方成反比, Hamaker方程 给出了两个宏观球形粒子之间的吸引能. 当粒子之间的吸引势取其他形式时, 可利用下式进行计算$:$ E = − π 2 q 2 λ z ∫ z + R 2 ...
个人分类: 数学轮子|3795 次阅读|2 个评论 热度 1
GROMACS中文手册翻译
李继存 2014-11-11 01:11
考虑再三, 我决定征集人手将GROMACS的手册翻译成中文. 总看到有人说翻译这些科技资料没有意义, 要直接去看英文, 英文的更准确. 这些说辞当然有它的道理, 对初学者却没有太多帮助. 一个GROMACS的初学者, 他需要的是快速入门. 等入了门, 再去看英文的手册, 英文的资料也能更有信心, 不再那么害怕了. 而能快速入门的途径之一 ...
个人分类: 我的工具箱|10448 次阅读|没有评论
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