关于聚类的一些经验及其在R中的实现

彭友松 2012-3-19 15:15

1 首先针对数据进行分析，回答下面的问题： 1 ）想用聚类方法解决什么问题。是想看数据的结构，还是想把数据分为很多类，还是有其他的目的。 2 ）数据本身的分布。针对样本聚类还是针对变量聚类？样本可能符合怎样的分布？变量又会符合怎样的分布？ 2 选择合适的聚类方法 针对聚类目的和数据的分布， ...

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R语言中坐标轴刻度值的灵活处理

彭友松 2011-8-19 17:40

在R中处理坐标轴的函数为axis()，我现在关心的是如何改变坐标轴的刻度位置，以及刻度标记。axis()中的参数at和labels可以解决这个问题。at表示坐标轴刻度的位置，可以自己指定，比如at=c(1,2,3,4,5,5.5,5.6,6,7),labels表示与坐标轴刻度相对应的坐标轴标记，如labels=c(1,2,3,4,5,5.5,5.6,6,7)。如果要改变坐标轴，首先在画 ...

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R中评估层次聚类可信度的包Pvclust

彭友松 2011-8-15 16:16

就像进化树中分支需要给出bootstrap值一样，层次聚类后得到的类别划分也需要给出其可信度。R中提供了这样一个包Pvclust，它采用bootstrap重新采样的思路，对于给定的数据进行重新采样，然后会给出每个节点的可信度（AU值和BP值）。需要指出的是，它要求提供原始数据，而不能是已经计算好的距离矩阵，比如说microarray的数据 ...

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强烈推荐--R的集成环境RStudio

彭友松 2011-8-12 10:07

推荐一下该东东，虽然我刚知道还没有开始用，但是它看起来很方便。现在我还是比较习惯在命令行里面操作，等以后再用吧。 RStudio有Windows和Linux环境下的版本，见 http://rstudio.org/

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相关矩阵的图形表示

彭友松 2011-7-23 16:44

刚看到一个R包corrplot可以很漂亮和形象的展示相关矩阵，而且可以进行聚类。该包的参数特别多，我只关心下面两个：一个是输入数据为相关矩阵，可以是全矩阵，下三角或者上三角；另外一个矩阵展示中元素的顺序，可以是原来的顺序，也可以用聚类的方法，这可以使用参数order来指定。 corrplot(corr,order = c("original", ...

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R语言中的颜色问题

彭友松 2011-7-15 16:02

1 R中有多少种颜色？怎么看？ 命令：colors()显示出下面的657种颜色 "white" "aliceblue" "antiquewhite" "antiquewhite1" "an ...

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Perl语言中的splice()函数的用法及其用于对数组的随机扰动

彭友松 2011-6-17 10:11

splice函数有四种用法： 1 在数组中用其他元素代替数组部分元素，用法为splice(@list,offset,length,@new),即把@new中的元素替换数组@list中从offset位置开始且长度为length的元素。 2 从数组中删除元素，用法为splice(@list,offset,length)，即把数组@list中从offset开始长度为length的元素去掉。 3 清空数组，用法为spl ...

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R中的遗传算法

彭友松 2011-6-8 15:27

在R中我发现了四个软件包使用遗传算法进行参数选择和目标函数优化，如下所示： 1GALGO 2genalg rbga(stringMin=c(), stringMax=c(), suggestions=NULL, popSize=200, iters=100, mutationChance=NA, elitism=NA, monitorFunc=NULL, evalFunc=NULL, showSettings=FALSE, verbose=FALSE) 3 mcga ...

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《Linear models with R 》学习笔记之一

彭友松 2011-6-2 21:44

一本好的参考书不应该只告诉读者技术性或者知识性的东西，还应该把作者的思想和经验与读者交流。刚看了这本书第一章的前面几页就觉得这本书不错，因为作者告诉我们怎样成为一位合格的统计学家，而不是仅仅会用统计学作为工具。第一章的第一句话是这么说的： Statistics starts with a problem, pr ...

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