怎么将对称蛋白沿某个方向摆正

宋永顺 2018-7-16 16:24

Using VMD to rotate the protein so as to it's vertical to z axis. you need to get the v by vector.sh. vector.sed must be prepared for calling. the symmstry here is four monomers, however three points define one surface. the resid need to reconfigure in vector.sed to get the v. 其中 vector ...

个人分类: 分子模拟|1707 次阅读|没有评论

关于DNA聚合酶工作机制

宋永顺 2018-7-11 09:37

详见我的博士论文： Phd_Thesis.pdf DNA 聚合酶保真度非常高。实验上发现 , 病毒和大肠杆菌的 DNA 聚合酶的复制保 真度 在生理条件下 可以达到 10 7 – 10 8 , 真核生物 DNA 聚合酶的复制保真度会更高。 大肠杆菌细胞内的 DNA 聚合酶 I 最早被解析出结构 , 基于该 DNA 聚合酶人们做了许多早期工作机制的 ...

个人分类: DNA聚合酶|5338 次阅读|没有评论

如何修改gromacs包中的力场

宋永顺 2018-7-7 15:31

【静电修改】 直接去改top文件即可。 【vdw修改】 由于vdw是nonbond相互作用，不能通过直接修改top文件来达到。 需要在include**/forcefield.itp和 之间加入重新定义的原子类型。 比如修改 某原子类型 与 Na 离子的 vdw 相互作用（离子通道蛋白）。若不是所有的该原子类型全部都改，那么需要单 ...

个人分类: 分子模拟|3145 次阅读|没有评论

本页有 7 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏