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关于DNA聚合酶工作机制

已有 5909 次阅读 2018-7-11 09:37 |个人分类:DNA聚合酶|系统分类:科研笔记| DNA聚合酶, 动力学模型, 随机

详见我的博士论文:

Phd_Thesis.pdf

DNA聚合酶保真度非常高。实验上发现,病毒和大肠杆菌的DNA聚合酶的复制保 真度在生理条件下可以达到107108,真核生物DNA聚合酶的复制保真度会更高。

 

大肠杆菌细胞内的DNA聚合酶I最早被解析出结构,基于该DNA聚合酶人们做了许多早期工作机制的研究。然而,后续的研究发现,DNA聚合酶IDNA复制过程的主要功能为后期的修复错误,并非催化dNTP的聚合。在大肠杆菌细胞内主要催化dNTP聚合的是DNA聚合酶III。该DNA聚合酶催化DNA聚合的速率可以达到750 dNTP/秒。

 

由于细菌细胞内的DNA聚合酶往往是以合酶的形式行使功能,对其工作机制的研究涉及到许多相关辅酶的影响,因此,人们更多的使用结构上更简单、但具备完整催化聚合功能的病毒DNA聚合酶来研究其工作机制。这类DNA聚合酶包括T7病毒DNA聚合酶,T4病毒DNA聚合酶,φ29病毒DNA聚合酶等。

 

DNA聚合酶的工作机制,涉及到聚合和剪切两个过程:

image.png

对比具有剪切活性和没有剪切活性的DNA聚合酶的保真度,可以发 ,聚合过程的选择作用可以贡献104106,剪切过程则贡献101103

 

具体模型细节,按历史演化,有以下三种:

image.png

 

最新提出的c1模型的细节:

image.png




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