科学网—alishay的博文

关于结构修正的一些小tips

陈颖 2010-6-5 14:53

本文主要总结一下最近这几天进行结构修正时遇到的问题和用到的的小tips： 1. 前面说过，结构是N聚体的话看拉氏构象图上红点的位置太多，很乱，希望可以每条链单独看。不知有什么办法。一个小tips就是用VIM把pdb截成单链，分别打开修正。这样拉氏上就会只显示一条链的红点了。这样的问题就 ...

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结构解析和修正流程

热度 3 陈颖 2010-6-5 11:20

以下是我总结的晶体结构解析方法： I 分子置换法使用condition：目标蛋白A有同源蛋白结构B，同源性30%以上。用到的软件及程序： HKL2000, CCP4, COOT, Phenix, CNS, 解析过程：收集数据（X-RAY）-- hkl2000 处理数据-- 置换前 ...

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修结构新番总结

热度 1 陈颖 2010-6-5 09:22

这几天一直做在工作站前修结构，修的眼睛累死了~ qq，校内基本没来的及上~ 看见电脑就眼睛疼工作站果然很强大，比自己的本本好多了。额，闲话少叙，总结一下这几天的收获先~ 从拿到老师给大致搭好氨基酸残基位置的model.pdb 及相应的 .sca .mtz文件后，我修结构开始大致经过了如下几个过程：（1 ...

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修结构新得3

陈颖 2010-5-30 22:40

惊人发现，啊，不，是惊我自己的发现~ 修结构重在整体形象。刚在修一个alpha螺旋，单独看几个连续的残基，怎么都看不出来主链肽键的方向应该冲哪，因为密度比较弱，看不出来羰基氧的那个小尖尖~ 怎么整都是红点。后来我烦了，直接把图像缩小，照着标准alpha螺旋的样子，把所有的样都冲成一个方向，冲着上一圈酰胺键 ...

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修结构新得

热度 1 陈颖 2010-5-30 16:25

实空间修正：根据电子密度图调整残基的位置。选择一段残基短链进行实空间修正。如果实空间修正时所有参数都是绿色，那么这段序列的拉氏图一般没有问题，不用再去点击edit backbone torsions逐一check up psi和phi角是否符合。二级结构之间的转角处除外。若有黄色出现，甚至多个黄色参数，序列段中一般有红点。要逐一确 ...

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修结构新得

陈颖 2010-5-30 11:33

今天还在修第一轮结构，四聚体，现在在修第四条链了。新手乍练，有些心得，share一下。也希望有各位大牛飘过，指点一二。^_^ 修结构的时候发现侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置. 出问题最多的就是ALA GLY 和pro 密度很细肉眼分辨不出来正确的走象。 PRO 和Gly总是出现在拐角处，而拐角处的密 ...

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coot在vista 下不稳定

陈颖 2010-5-27 22:05

今天开始修结构。结果coot在Vista系统下不稳定啊。修了一晚上修了80多个残基，结果COOT突然死掉，auto保存也失效，算是白修了~ 算了，反正是第一次修，就当练手了好了以后要及时保存~ 其实很多其他的程序在Vista下也容易突然死掉。修结构刚开始据说是要先修主链。修主链的意思是不是就是让酰胺平面附合要求， ...

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