这几天一直做在工作站前修结构，修的眼睛累死了~ qq，校内基本没来的及上~

看见电脑就眼睛疼工作站果然很强大，比自己的本本好多了。

额，闲话少叙，总结一下这几天的收获先~

从拿到老师给大致搭好氨基酸残基位置的model.pdb 及相应的 .sca .mtz文件后，我修结构开始大致经过了如下几个过程：

（1）拿model.pdb做模板，对.mtz文件作分子置换。 使用ccp4的MR程序。

（2）分子置换后得到一个对应的 protein.pdb文件，这时要先把pdb文件对应着电子密度图用coot把残基都突变为自己蛋白序列的氨基酸。 （一般情况下model为所研究目标蛋白的同源蛋白，所以序列并不一致）。因为我的model是硒代的蛋白晶体得到的，所以除了搭模后某些电子密度特别乱的位置为alanine外，老师都给搭好了。（3）进行完残基突变等初步修正过程后，用phenix.refine进行第一轮修正。 第一轮phenix修正时以protein.pdb 和.sca文件 进行。

（4）用coot进行第一轮修正。（这也就是我头2天干的活儿，即先用ccp4做MR，然后接着用phenix.refine 进行修正，再用coot对应电子密度图进行手工修正。）

（5）第一轮修正完成后，一般是进行第二轮phenix.refine.不过我在修正时发现我的B Chain 错误最少，即与电子密度符合最好，所以就想了一下，认为这时有2 options：a. 用第一轮修正后的.pdb进行phenix2的修正；b. 把B Chain 从protein.pdb中截出，作为新的model（model2）来做第二轮分子置换MR2。 于是，分别尝试了2种options。结果发现option2 比option1 要好很多~ 以拉氏构象图的outlier数量来看，option1 有90个，而option2 只有68个。 所以，之后的修正基于MR2的结果继续进行。

（6）MR2之后随即用phenix修正，称为，phenix的关键结果包括一个data.mtz, 一个refine-pdb，一个coeff.mtz的电子密度图。 其中data.mtz 再第二轮phenix时用来与pdb同时使用，代替的是.sca文件的位置。而电子密度图和pdb在下一步的coot修正中使用。

（7）用coot手工修正MR2phenix1后的pdb。

（8）手工修正完成后，我试了3种options

a. 进行PHENIX2修正。

b.用MR2phenix1之后的好Chain做MR，然后再phenix

c.用coot手工修完之后，phenix1之前的good Chain做MR 再phenix

结果表明option a最好，红点数有降低，R-WORK 和R-free 也有降低。这样看来各链之间还是有构象差异的，修的差不多之后再做MR起不到什么magic的作用。 但是，5-MR2 确实很magic。初修的时候多一次MR确实很有用。

这些就是到今天为止这几天的修正过程了。 写的貌似不是很逻辑~ 因为之前在网上搜都没看到有蛋白结构解析和修正的实际操作流程呢，下一篇日志会更加理性和逻辑的总结一下修结构的流程；然后再下一篇就说一下这两天的小tips和问题吧。 ^_^

（因为自己看到长的日志就忍不住跳过，所以也不喜欢写长的日志，O(∩_∩)O~ 己所不欲勿施于人嘛 哈哈）

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