实空间修正：根据电子密度图调整残基的位置。选择一段残基短链进行实空间修正。 如果实空间修正时 所有参数都是绿色，那么这段序列的拉氏图一般没有问题，不用再去点击edit backbone torsions逐一check up psi和phi角是否符合。 二级结构之间的转角处除外。若有黄色出现，甚至多个黄色参数，序列段中一般有红点。要逐一确认一下。这个经验在选定的残基数越多时越有用。

当然，也可以修完一遍之后再根据拉氏构象图去寻找红点，各个击破，不过那样容易遗漏，而且缺乏连续性，有的氨基酸是红点是因为邻近的氨基酸构象不正确造成的，而非它本身。

beta-beta 转弯处简直就不是human being 修的啊~~ 密度少了真是白搭。

另外有一个问题： 不知如何只看某一条链的拉氏图？ 而不是全部。因为红点太多了容易看不清。 哪位高人可以指导一下呢？

转角处总是会出现氨基酸残基数看起来比密度能塞下去的长一块儿的现象~ 这是为什么呢？

唉，我的alpha螺旋一碰到ALA就出红点 。。。 这是为什么呢？