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基于Hi-C数据的三维基因组数据分析与可视化-2022.12.02: 姚刚 2022-12-2 23:09; 个人分类: 数据分析|1024 次阅读|没有评论

基因组注释工具Braker2的报错与解决措施-2022.12.02: 姚刚 2022-12-2 23:06; ● 报错1 ● 报错内容： ● mv: cannot stat ‘/path/genemark_hintsfile.gff.rnaseq.tmp’: No such file or directory ● ERROR in file /path/ braker.pl at line 6295 ● Failed to execute: mv /path/braker/genemark_hintsfile.gff.rnaseq.tmp /p ...; 个人分类: 数据分析|2025 次阅读|没有评论

基因家族聚类软件Orthofinder的报错与解决措施-2022.12.02: 姚刚 2022-12-2 22:47; ● 报错1 ● 报错内容： ERROR: external program called by OrthoFinder returned an error code: 1 ● 解决措施： ● ① 降低orthofinder版本 ● ② 删除氨基酸序列中的点或把点替换为X，sed -i '/^/!s/\./X/g' filename.fast ...; 个人分类: 数据分析|3570 次阅读|没有评论

基因组注释工具MAKER的报错与解决措施-2022.12.02: 姚刚 2022-12-2 22:37; ● 报错1 ● 报错内容： ERROR: Could not determine if DFam is installed ● 解决措施： ● export LIBDIR=/your_path/envs/maker/share/RepeatMasker/Matrices ● export LIBDIR=/your_path/envs/maker/share/RepeatMasker/Libraries ● ...; 个人分类: 数据分析|2844 次阅读|没有评论

RAD-seq数据处理的报错分析: 姚刚 2021-3-3 09:49; 在分析基于有参的简化基因组数据时（在slurm作业提交系统提交），stacks的子程序populations在得出变异文件（vcf）时，我遇到了两种报错： ①/var/spool/slurm/d/job1680919/slurm_script: line 10: 34041 Killed populations………… ②slurmstepd: error: Detected 1 oom-kill event(s) in step 1670413.batch ...; 个人分类: 数据分析|3997 次阅读|没有评论

全基因组复制/多倍化事件/古多倍化事件/WGD推断方法的小结: 姚刚 2021-1-20 15:08; 环视国内，目前在研究多倍化事件领域活跃的主要是华北理工大学/河北农业大学的王希胤教授、南京农业大学引进的Yves Van de Peer教授，中科院北京植物所的焦远年研究员，中科院武汉植物园的石涛和陈进明研究员。若对生物演化过程中的多倍化研究感兴趣，可以看看这些前辈们的文章。关于WGD本身 ...; 个人分类: 数据分析|6810 次阅读|1 个评论

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