LAMMPS手册中thermo_style的整理

①　step = timestep（时间步长大小）

            1s=10^3ms=10^6μs=10^9ns=10^12ps=10^15fs

②　elapsed = timesteps since start of this run（自此运行开始的时间步长）

③　elaplong = timesteps since start of initial run in a series of runs（一系列运行中自初始运行开始以来的时间步长）

④　dt = timestep size（时间步长的大小）

⑤　time = simulation time（模拟时间）

⑥　cpu = elapsed CPU time in seconds since start of this run（自此运行开始以来所用的CPU时间(以秒为单位)）

⑦　tpcpu = time per CPU second（每CPU秒的时间）

⑧　spcpu = timesteps per CPU second（每CPU秒的时间步长）

⑨　cpuremain = estimated CPU time remaining in run（估计CPU剩余运行时间）

⑩　part = which partition (0 to Npartition-1) this is(这是哪个分区(0到N分区-1))

⑪　timeremain = remaining time in seconds on timer timeout.（计时器超时的时间（以秒为单位）

⑫　atoms =  of atoms（原子）

⑬　temp = temperature（温度）

温度的计算方法是动能除以一定的自由度(以及玻尔兹曼常数)。由于动能是粒子速度的函数，因此通常需要区分粒子的平流速度(由于粒子的某些聚集运动)和它的热速度。这两项的总和是粒子的总速度，但后者通常是计算温度所需要的。

温度由公式Ke=dim/2Nk T计算，其中Ke=原子群的总动能(总和为1/2mv^2)，dim=2或3=模拟的维度，N=群中的原子数，k=Boltzmann常数，T=温度。

⑭　press = pressure（压力）

压力由公式计算  （公式在手册1705页）

计算对称压力张量，第一项使用动能张量的分量，第二项使用维里张量的分量

 ⑮　pe = total potential energy（总势能）

⑯　ke = kinetic energy（动能）

⑰　etotal = total energy (pe + ke)（总能量=势能+动能）

⑱　enthalpy = enthalpy (etotal + press*vol)（焓）

因为U+pV是状态函数（即状态量）的组合（即一个状态只有一个热力学能U，外界压强p和体积V），所以将它定义为一个新的状态函数——焓，并用符号H表示，所以上式可变为：Q=H2-H1=ΔH

⑲　evdwl = vanderWaals pairwise energy (includes etail)（范德华成对能量）

范德华力(又称分子作用力)产生于 分子或原子之间的静电相互作用。其能量计算的经验方程为:U =B/r 12- A/r 6 (对于2 个碳原子间,其参数值为B =11.5 ×10-6 kJnm^12/mol ;A=5.96 × 10-3 kJnm^6/mol;不同原子间A、B 有不同取值)当两原子彼此紧密靠近电子云相互重叠时，发生强烈排斥，排斥力与距离12 次方成反比。图中低点是范德华力维持的距离作用力最大，称范德华半径。

⑳　ecoul = Coulombic pairwise energy（库仑成对能量）

21　Repair = pairwise energy (evdwl + ecoul + elong)（成对能量）

22　ebond = bond energy（键能）

23　eangle = angle energy（角能）

24　edihed = dihedral energy（二面体能）

25　eimp = improper energy（非正常二面角能）

26　emol = molecular energy (ebond + eangle + edihed + eimp)（分子能=键能+角能+二面体能+非正常二面角能）

27　elong = long-range kspace energy（远程kspace能量）

28　etail = van der Waals energy long-range tail correction（范德华能量远程尾部修正）

29　vol = volume（盒子体积）

30　density = mass density of system（系统质量密度）

31　lx,ly,lz = box lengths in x,y,z（盒子的长度<x,y,z>）

32　xlo,xhi,ylo,yhi,zlo,zhi = box boundaries（盒子的边界）

33　xy,xz,yz = box tilt for triclinic (non-orthogonal) simulation boxes（三斜（非正交）模拟盒的盒倾斜）

LAMMPS还允许在三斜(非正交)模拟盒中进行模拟，模拟盒的形状为具有三斜对称性的平行六面体。平行六面体的“原点”在(xlo，ylo，zlo)，由从a = (xhi-xlo，0，0)给出的原点开始的3个边向量定义；b = (xy，yhi-ylo，0)；c = (xz，yz，zhi-zlo)。xy、xz、yz可以是0.0，也可以是正值或负值，它们被称为“倾斜因子”，因为它们是应用于原始正交框的面以将其转换为平行六面体的位移量。在LAMMPS中，三斜模拟框边向量a、b和c不能是任意向量。如前所述，a必须位于正x轴上。b必须位于xy平面上，严格地说，y分量为正。c可以有任何带有严格正z分量的方向。a、b和c分别具有严格的正x、y和z分量的要求确保了a、b和c形成完全的右手基。这些限制没有丧失一般性，因为可以旋转/反转任何一组3个晶体基向量，使它们符合限制。

xlat,ylat,zlat = lattice spacings as calculated by lattice command（由lattice命令计算的晶格间距）

34　bonds,angles,dihedrals,impropers = # of these interactions defined（这些相互作用中定义）

35　pxx,pyy,pzz,pxy,pxz,pyz = 6 components of pressure tensor（压力张量的6个分量）

36　fmax = max component of force on any atom in any dimension（任意维度上任意原子的最大分力）

37　fnorm = length of force vector for all atoms（所有原子的力矢量的长度）

38　nbuild = # of neighbor list builds（邻居列表构建）

39　ndanger = # of dangerous neighbor list builds（危险邻居列表的建立）

40　cella,cellb,cellc = periodic cell lattice constants a,b,c（周期晶格常数a，b，c）

41　cellalpha, cellbeta, cellgamma = periodic cell angles alpha,beta,gamma（周期性晶胞角alpha，beta，gamma）

以下42-49的说明：

全局基准、每个原子基准和局部基准各有三种类型:单个标量、向量或2维数组。当访问一个数量时，正如下面讨论的许多输出命令一样，可以通过下面的括号表示法来引用它，其中ID在本例中是计算的ID。对于fix，前导“c_”将替换为“f_”；对于变量，前导“c_”将替换为“v_”：(注意：c=compute,f=fix,v=variable)

换句话说，使用一个括号减少了一次数据的维度（向量 - >标量，阵列 - >向量）。使用两次括号减少了两次（阵列 - >标量）。因此，使用标量值作为输入的命令通常还可以处理矢量或阵列的元素。

42　c_ID = global scalar value calculated by a compute with ID（通过使用带有ID的compute计算的全局标量值）

43　c_ID[I] = Ith component of global vector calculated by a compute with，ID, I can include wildcard (see below)（通过使用带有ID的compute计算出的全局向量的第i个分量，i可以包含通配符。

44　c_ID[I][J] = I,J component of global array calculated by a compute，with ID（通过使用带有ID的compute计算全局数组的I，J分量）

45　f_ID = global scalar value calculated by a fix with ID（通过使用带有ID的fix计算的全局标量值）

46　f_ID[I] = Ith component of global vector calculated by a fix with ID, I can include wildcard (see below)（通过使用带有ID的fix计算出的全局向量的第i个分量，i可以包含通配符。）

47　f_ID[I][J] = I,J component of global array calculated by a fix with ID（通过使用带有ID的fix计算全局数组的I，J分量）

48　v_name = value calculated by an equal-style variable with name（由具有名称的等式变量计算的值）

49　v_name[I] = value calculated by a vector-style variable with name（由具有名称的矢量样式变量计算的值）