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在lammps运算过程中,电脑死机了,怎样把算的例子续上?

已有 3378 次阅读 2021-3-28 20:42 |个人分类:lammps|系统分类:科研笔记

题目中涉及到模拟技巧问题,一般模拟的时候,我们都会设置断点的。有的软件自动设置断点,比如GROMACS就有断点设置。而LAMMPS不是自动设置的,需要大家在in文件中写明。下面讲讲如何设置断点:


  1. 常用的方法,而且是强烈推荐的方法是用restart命令,放置在run命令的前面

    格式是:restart  1000 restart_file.1 restart_file.2

   这样程序run的时候,会轮流写入断点到1,2两个文件中,第一个1000步写入1,那么下个1000步会写入2,然后下个写入1,一次类推。这样即使是断电时正在写其中一个断点,导致其不完整,但另外一个断点可以保证完整的。而且不会大量写restart文件。所以是设置断点的标配方式;除此之外,可以在run后写个write_data文件。保证模拟结束时的接着计算软件。


2. 如果你没有做这个,但轨迹文件里保存了 id type x y z这类的信息,可以提出轨迹文件的最后一个完整帧,用这帧的坐标作为初始结构(就是data文件的坐标用这个替换掉),然后用read_Data 接着算。

所谓接着算,就是用跑了很久的构型继续算。当然如果你体系保持了速度信息,那更好;否则,第二个接着算,肯能要重新分配速度。




https://blog.sciencenet.cn/blog-3437453-1279042.html

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