科学网—chinesehugh的博文

[转载]新鲜核桃的青皮如何去除？

胡耿 2020-5-10 10:37

去年去山上买核桃的时候就听说，现在都用化学溶液的方法去青皮，感觉存在食品风险，在网上搜索了一下，确实有用化学方法的，希望食品安全部门规范一下，防止化学物质残留。对个人来说，最安全的方法就是买青核桃自己沤皮。本文摘自 https://baijiahao.baidu.com/s?id=1627971324140579945wfr=spiderfor=pc 目前 ...

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[转载]三文读懂PCA和PCoA

胡耿 2020-5-9 22:34

PCA （ Principal Components Analysis ）即主成分分析，也称主分量分析或主成分回归分析法，首先利用线性变换，将数据变换到一个新的坐标系统中；然后再利用降维的思想，使得任何数据投影的第一大方差在第一个坐标（称为第一主成分）上，第二大方差在第二个坐标（第二主成分）上。这种降维的思 ...

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[转载]全转录组数据挖掘思路及RNA测序十年发展历程

胡耿 2020-5-9 22:16

http://interact.majorbio.com/article/detail/537 此链接来源美吉生物论坛，包含三篇连载且自成一体的全转文献分享，还有一篇比较经典的RNA测序十年综述（RNA sequencing: the teenage years. Nature Reviews Genetics . 2019;20(11):631‐656）。读懂这些材料，基本可以掌握全转录组研究和分析套路，并理解ceR ...

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[转载]一代测序、二代测序以及三代测序的优缺点及应用对比

胡耿 2020-4-30 12:30

整理自 https://www.sohu.com/a/238087260_781409 一代测序：又称 Sanger 测序（多分子，单克隆）历史：第一代 DNA 测序技术（又称 Sanger 测序）在 1975 年，由 Sanger 等人开创，并在 1977 年完成第一个基因组序列（噬菌体 X174 ），全长 5375 个碱基。研究人员经过 30 年的实践并对技术 ...

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孔子晚年遭受的打击——妻子、颜回、子路相继去世

胡耿 2020-4-30 10:16

为了实现心中的政治理想，孔子在大约55岁（公元前497年）的时候离开鲁国，周游列国，寻找仁君明主。令他失望的是，在恃强凌弱、列强争霸的春秋末期，没有一个统治者能够理解并采纳他的主张，“（孔子）有圣德，好学不倦。周游列国，弟子满天下，国君无不敬慕其名，而为权贵当事所忌，竟无能用之者”《东周列国志》。68岁 ...

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孔子论人生——求仁得仁，无可无不可

胡耿 2020-4-29 09:34

部分内容摘自 http://m.kdnet.net/share-12330921.html 《论语 ·微子》中记载了孔子对人生的很多看法。开篇是三个暴政下的人生：在商纣王的时代，微子选择逃离，箕子装疯卖傻保全生命，比干则坚持批评，最后被商纣王刨心（微子去之，箕子为之奴，比干谏而死）。孔子评价说： “殷有三仁焉 ...

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组学“-omics”的由来

胡耿 2020-4-24 22:45

近日看文献，A comprehensive overview of bull sperm-borne small non-coding RNAs and their diversity across breeds（Sellem et al., Epigenetics Chromatin, 2020），里面有一句话“Detailed studies of the sperm miRnome have also been undertaken in several species, including humans, mice, horses ...

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比较基因组学与几个易混的概念similarity，analogy，homology，orthology，paralogy

胡耿 2020-4-20 21:56

主要摘抄自樊龙江老师的《生物信息学札记》（第三版），略有删改。比较基因组学是基因组学的重要分支，它是随着人类和其它生物基因组的大规模测序发展起来的新科学，现已成为研究生物基因组最重要的策略与手段之一。与比较解剖学、比较组织学等学科一样，比较基因组学是遗传学的重要方法，特点是在整个基因组 ...

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对基因组的认知过程：从遗传图谱、物理图谱到基因组图谱

胡耿 2020-4-20 21:47

以下摘抄自樊龙江老师的《生物信息学札记》（第三版），略有删改。基因组测序是涉及 DNA 的大规模测序，是一项如同“曼哈顿登月计划”的庞大工程，是人类冲破重重技术障碍取得的又一次巨大进步。根据当时的技术水平，人类还无法对基因组这样的复杂 DNA 大分子直接进行测序，只能采取分而治之的测序策略，即将基因组 ...

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生物信息学与数据库

胡耿 2020-4-20 21:40

以下摘抄自樊龙江老师的《生物信息学》（第三、四版），略有删改。生物信息学是统计学和计算机科学在分子生物学领域应用的一门学科。生物信息学最初的使用始于上世纪八十年代的晚期，主要集中在基因组学和遗传学领域，特别是基因组DNA大规模测序出现后。生物信息学的根本目标是增加对生物学过程的认识，具体而言，它 ...

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