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BioIT| Metagenomics| RNA-seq| Reseq| pacbio| Nanopore| Hi-C| Genome| Algorithm|

通过vcf格式的SNP位点信息找到其对应的rs号: 卢锐 2021-1-6 18:42; 例如通过 GATK 检测到某个样本 chr23:31649149 这个位点 SNP 信息如下。注：其中 chr23 即 chrX ，这里是为了分析流程方便用 chr23 代替 chrX 打开 NCBI 的 dbSNP 检索页面 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ ，注意一定要在这个页面下搜索，不能在 NCBI 主页面搜索！ ...; 个人分类: BioIT|7253 次阅读|没有评论

使用Biopython解析Blast结果(二): 卢锐 2020-3-19 16:55; 之前整理了一份采用 biopython 来解析 blast format 5 结果文件的博文：使用 Biopython 解析 Blast 结果，但是有朋友联系我说写得不够直观，今天再次用到 biopython 来解析 blast format 5 这种 xml 格式的文件。重新整理了一下，如下图：用代码展示 blast 结果 format 6 ...; 个人分类: BioIT|5494 次阅读|没有评论

FitHiC V1算法解析(二): 卢锐 2020-3-14 14:55; FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作本文接着上一篇博文《 FitHiC V1 算法解析 ( 一 ) 》继续探讨 FitHiC V1 的算法过程。该博文中介绍了 FitHiC 的整体思路，但是这种基于假设检验来检测显著互作的方法，早在 2010 年就已经提出来了，该文章与 FitHiC 引文的通迅作者都是大神 William St ...; 个人分类: Hi-C|4063 次阅读|没有评论

FitHiC V1算法解析(一): 卢锐 2020-3-14 14:06; FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作处理 Hi-C 数据，最自然的分辨率划分方法是基于限制性内切酶切出来的酶切片段，即一个酶切片段为一个最小单位。但是，因为测序深度和基因组上感兴起的 size 不同，例如有的研究关注 TAD 结构，有的研究关注 Loops 结构，所以目前要么按固定大小对基因组划分 bin ...; 个人分类: Hi-C|5175 次阅读|没有评论

遗传算法(genetic algorithm)简介: 卢锐 2020-2-19 01:05; 遗传算法 (GA, Genetic Algorithm) 是进化算法 (EA, Evolutionary Algorithm) 的一种。进化算法还包括进化编程 (Evolutionary programming) 、进化策略 (Evolution Strategy) 、以及遗传编程 (Genetic programming) 等。一般认为遗传算法是由 John H. Holland 于 1975 正式提出的，之 ...; 个人分类: Algorithm|32077 次阅读|没有评论

Django配置MySQL数据库: 卢锐 2020-2-12 02:11; 1. 安装 Python 和 Django 包建议采用 Anaconda 安装 Python ，因为 Anaconda 相当于为 Python 环境构建的一艘航母，它自带了很多包，为后续其它框架的学习提供了独立环境。打开 Anaconda Prompt 来安装 django ，在输入界面中输入 pip install django 注意：正常情况 ...; 个人分类: BioIT|3599 次阅读|没有评论

Windows系统安装MySQL服务器详解: 卢锐 2020-2-11 21:56; 写这个博文的初忠是为了后续连接 Python Django 框架。在网上找了一些教程，可能和最新的版本不太一致，安装时常会出现问题，而且 MySQL Community Server 是一个比较大的软件包合集，目前查到的资料除官方文档外，均未汇总。到底应该装哪个组件，对于初学者来说并不清楚。因为后续会连接 Django ，所以在安装 ...; 个人分类: BioIT|2778 次阅读|没有评论

ZeroTier与Windows远程桌面实现远程控制: 卢锐 2020-2-9 15:04; 背景 Teamviewer 虽然很好用速度也快，但是它是一款商业软件，时常会检测为商业用途而阻止个人免费使用，虽然网上也有一些修改 ID 的方法，还是各种破解版，但是均不尽如人意，于是想找找替代方案。经过尝试发现 ZeroTier 与 Windows 远程桌面程序一起用可以很好实现远程办公。闲言少述，直奔主题 ...; 个人分类: BioIT|18836 次阅读|没有评论

宏基因组Binning软件MetaBat2的安装与使用: 卢锐 2019-10-17 18:20; 1. MetaBat2 的安装按 MetaBat2 引文提供的下载地址，从以下路径下载到最新版本的 MetaBat2 https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat/downloads/ mkdir metabat2 cd metabat2 wget https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat/downloads/metabat-static-binary-linux-x64_v2.1 ...; 个人分类: Metagenomics|12755 次阅读|没有评论

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