人类基因组hg19及其注释 2022-02-25

从人类基因计划提出二十年来，人类基因组序列越来越完善，特别是近几年，随着三代测序技术的发展，人类基因组版本不断更新，例如 biorxiv 上最新发布的一篇 ...

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BUSCO 运行步骤 2021-09-05

Genome assembly assessment first identifies candidate regions to be assessed with tBLASTn searches using BUSCO consensus sequences. Gene structures ...

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Cytoscape3.8的安装 2021-07-21

目前最新版为 Cytoscape_3_8_2 ，安装如下： 按照要求 Cytoscape_3_8_2_windows_64bit.exe 必须安装 java8 。先从 java 官网下载到最新的 jre-8u2 ...

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通过vcf格式的SNP位点信息找到其对应的rs号 2021-01-06

例如通过 GATK 检测到某个样本 chr23:31649149 这个位点 SNP 信息如下。注：其中 chr23 即 chrX ，这里是为了分析流程方便用 chr23 代替 c ...

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使用Biopython解析Blast结果(二) 2020-03-19

之前整理了一份采用 biopython 来解析 blast format 5 结果文件的博文： < 使用 Biopython 解析 Blast 结果 > ，但是有朋友联系我说写得不够 ...

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FitHiC V1算法解析(二) 2020-03-14

FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作 本文接着上一篇博文《 FitHiC V1 算法解析 ( 一 ) 》继续探讨 FitHiC V1 的算法过程。该博文中介绍了 ...

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FitHiC V1算法解析(一) 2020-03-14

FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作 处理 Hi-C 数据，最自然的分辨率划分方法是基于限制性内切酶切出来的酶切片段，即一个酶切片段为一个最小 ...

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