博文
- glmm.hp包的结果不与lmerTest包的获得的变量显著性匹配
- 刚有同学问为什么glmm.hp对混合模型中固定因子的R2进行分解不与lmerTest包的获得的变量显著性匹配？如下图。这个是非常正常的。lmerTest包获得的变量参数的显著性，这个是相当展示的是层次分割中unique effect，而glmm.hp获得的individual effect是 unique effect加上平均分配的common effect的结果，是考虑的共线性的结果 ...
- 关于glmm.hp函数的数据文件名的规定
- 刚有个glmm.hp的用户咨询一个运行错误如下： 我逐一追溯后发现问题出在于他在lmer的表达式里面数据的文件名用D, 结果在glmm.hp的函数中会提取到这个数据为D，会被误认为是函数D，这个问题无法修改程序来解决，建议用户尽量不用与现有函数名一样的数据对象名称，如果其他用户出现类似的错误，建议修改一下数据对象的名 ...
- 新版glmm.hp在CRAN更新上线
- 对于非正态分布的广义线性混合模型（ GLMM ），上一版的 glmm.hp() 默认分解是 r.squaredGLMM() 输出矩阵的第一行的 R 2 , 比如对于二项分布的 GLMM ，第一行就是 theoretical 类型 R 2 ，第二行为 delta 类型 R 2 。在写包的时候，我试一下几个 ...
- 一个简洁的子集获取的代码
- 刚读文献的时候，发现一个提取数据框子集的代码很简洁的代码，特此记录下来。 GuineaPigs - subset(GuineaPigs, !is.na(Testo) !is.na(Rank) (Time %in% c(1,3,5))) 此代码的目的是去掉 GuineaPigs数据钟 Testo和Rank中这两列中含有NA的行，并选取Time里面是1，3，5的行。 虽然我们很多的命令可以实 ...
- 用于分解广义混合线性模型的R2的包glmm.hp发布于R官网CRAN
- 生态学的数据大部分取样于地球表面，常常具有时空属性或复杂的嵌套和层次结构，导致数据点之间不独立的问题普遍存在，传统的普通线性模型对类数据并不适用。 线性混合效应模型（ LMM ）及广义线性混合效应模型 (GLMM) 允许我们明确地对这种数据中的非独立性进行建模，因此 ...
- rdacca.hp包的文章在线发表Methods in ecology and evolution
- https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041-210X.13800 如何确定典范分析（RDA,CCA和dbRDA）单个解释变量的相对重要性，相信很多人跟我一样一直在寻找方法，但是一直没找到满意的答案。不少人用简单效应（simple effect）、条件效应（conditional effect）或是边际效应（marginal effect）直接当作 ...
- R里面save(对象1,对象2..., file="文件名.Rdata")这命令一定要习惯常用
- 很多R的初学者有个习惯的思维，总要把结果输出到excel表格来，实际上除了数据框或是正常矩阵这种少数的类别能够往外输出到excel外，其他一般是无法这样输出的。最简单，最常用的存储结果的方式就是save(对象1,对象2..., file=文件名.Rdata)这个命令，这样存储的结果是在当前工作目录下有个R的文件，下回你直接打开这 ...
- R语言在光合作用研究当中的应用分析（Functional Plant Biology）
- R 语言在光合作用研究当中的应用分析 Yasi Liu , Xiangping Wang , Dayong Fan * , Jiangshan Lai * & ...
- 用unique去掉重复的列的用法
- 刚有一学员问怎么将相同的列去掉，很多人知道unique函数能去掉相同的行，但不知道也能去掉相同的列，只不过需要设定参数MARGIN=2，还有将数据对象设为矩阵而已。 a=data.frame(a=1:4,b=1:4) a a b 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 4 4 unique(a,MARGIN=2) #无动于衷，因为a是个数据框 a b 1 1 1 ...
- 结构方程模型中类别变量变为定量数据的处理方法建议
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- 在SEM中，经常遇到想要将 不同的组别 （不同植被类型，土地利用方式）、 不同的处理 （比如专门设计的配对试验，如施肥不施肥两种处理）作为外生的变量（解释变量）纳入SEM的情况。目前一般情况下将类别变量的每个水平单独做解释变量（变为0-1数据）然后进行SEM分析，这样无法获得整个类别变量作为单一的外生变量（解释变 ...
